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异硫氰酸荧光素酯是一种黄色粉末，具有吸湿性，能与各种抗体蛋白结合，结合后的抗体仍保持特异性，并在碱性溶液中发出强烈的绿色荧光。在加酸后会析出沉淀，荧光消失，微溶于丙酮、乙醚和石油醚。
异硫氰酸荧光素是生物学中常用的荧光示踪剂，用于染色细胞、组织、生物标记物或纳米颗粒。它在495nm处具有峰值吸收或激发，在515-520nm处具有最大发射，可以很容易追踪黄色和绿色荧光。荧光PEG通常用于聚乙二醇化以染料和示踪剂标记或标记生物分子和纳米颗粒。
异硫氰酸荧光素酯是生化试剂，也是医学诊断药物，主要用于荧光抗体技术中的荧光染料，能和各种抗体蛋白结合，结合后的抗体不丧失与一定抗原结合的特异性，并在碱性溶液中具有强烈的绿色荧光。用于医学、农学和畜牧等方面，可对由地细菌病毒和寄生虫等所致疾病进行快速诊断。
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