概述

染色质免疫共沉淀—高通量测序（ChIP-Seq）是一种用于研究蛋白结合靶DNA序列的重要方法。通过ChIP技术富集目的蛋白结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，从而在全基因组水平上研究转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的相关问题。

ChIP-Seq的应用案例

案例一：ChIP-Seq研究转录因子ARK1在杨树木质部生长中的调控

研究人员通过ChIP-Seq分析野生型和ARK1过表达的杨树植株，识别出ARK1在杨树全基因组的结合位点。共获得了14463个高显著的peaks，并预测到了13944个靶基因。ARK1的结合位点主要集中在靶基因转录起始位点附近。此外，通过ChIP-Seq和RNA-Seq关联分析，发现了866个共有基因，占总DGEs的24%，但仅占总ARK1靶基因的6.2%。这表明ARK1对靶基因的表达变化产生的影响相对较小。

案例二：ChIP-Seq分析膜性肾病患者的外周血单核细胞中组蛋白H3K9三甲基化

组蛋白H3K9的甲基化修饰与基因转录调控和基因组整合密切相关。本研究主要对膜性肾病患者中H3K9的三甲基化修饰（H3K9me3）进行了ChIP-Seq测序分析。共获得了217个peak，总长为192,047 bp，主要位于基因间区。研究还发现了多个H3K9结合位点的motifs，说明不同位置的组蛋白修饰改变了组蛋白H3结合序列的倾向性。另外，与正常人相比，患者中有5个基因的H3K9me3甲基化水平差异显著，可能与膜性肾病的发生有关。

主要参考资料

[1] Lijun Liu, Matthew Zinkgraf, H.et. al. The Populus ARBORKNOX1 homeodomain transcription factor regulates woody growth through binding to evolutionarily conserved target genes of diverse function. [J]New Phytologist (2015) 205: 682-694.

[2] ChIP-seq analysis of histone H3K9 trimethylation in peripheral blood mononuclear cells of membranous nephropathy patients .[J]Braz J Med Biol Res. (2014) 47:42-9.