如果已经知道了上游调控机制或者上游通路，当然可以再接着做下去。尝试沉默或者过表达这个基因，看一下细胞转移和侵润性变化，通过测序看一下有哪些通路和基因发生了变化，可以进一步了解这个基因的功能，再做loss of function和gain of function实验；如果这个基因是非编码RNA基因，还可以用其他实验手段了解一下这个基因所转录的非编码RNA的功能，比如说miRNA、lncRNA等。可以分析一下它们的靶基因通路，再利用其他方法探索它们的作用形式，如RIP/CLIP、RNA pull down等，最后可以再进行动物实验。
miRNA有可能在CDS区也有结合位点，但大部分都是结合于3'UTR区域发挥功能。对于肿瘤细胞来说，miRNA的功能并没有太大不同，所不同的是某个关键miRNA表达量出现变化，可能会引起它的靶基因发生变化。如果它的某个靶基因正好是抑癌基因，当miRNA异常过表达，这个抑癌基因就会被非正常下调，促进癌症发生；但也有其他可能，比如说该miRNA的某个靶基因在正常情况下应该低表达，当miRNA被抑制，这个靶基因会被上调，也有可能对其所在通路产生影响，引起癌症发生。