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解密脱氧核糖核酸酶测试:了解 DNase 的综合指南? 1个回答.17人已关注
引言: 脱氧核糖核酸酶(deoxyribonuclease,DNase)是一种特异性DNA水解酶,在Ca2+和Mg2+等二价金属离子存在的中性pH值条件下水解双链DNA...
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通幽淳罡 ,暂无简介 2024-04-18回答

引言:

脱氧核糖核酸酶(deoxyribonuclease,DNase)是一种特异性DNA水解酶,在Ca2+和Mg2+等二价金属离子存在的中性pH值条件下水解双链DNA,使DNA碎片化。脱氧核糖核酸酶测试作为一种常见的实验技术,被广泛用于检测DNA酶的活性和特性,帮助科研人员深入了解DNA分子的结构和功能。通过脱氧核糖核酸酶测试,我们可以更好地理解DNA酶在生物体内的作用,为疾病诊断、药物研发和基因工程等领域提供重要参考。同时,脱氧核糖核酸酶测试也探索了微生物分析的重要性。因此,深入了解脱氧核糖核酸酶测试的意义和微生物分析的重要性,将有助于我们更好地利用这一实验技术,推动科学研究和生物技术的发展。


1. 什么是脱氧核糖核酸酶测试?

脱氧核糖核酸酶,通常缩写为DNA酶,可以分解存在于所有生物体内的遗传物质DNA。脱氧核糖核酸酶检测是一种简单、经济的方法,传统上被用作识别致病性葡萄球菌的补充检测。该测试还有助于区分肠杆菌科克雷伯菌-肠杆菌-沙雷氏菌分支和其他几种病原体中密切相关的属,包括筛查白喉衣原体。通过识别能够产生dna酶的生物体,该测试有助于区分不同的细菌种类。传统上,DNA酶检测依赖于含有DNA和指示染料的琼脂平板。细菌在培养皿上生长,如果它们产生DNA酶,由于DNA的分解和随后的染料释放,周围的区域会显得很清楚。这种方法虽然可靠,但随着时间的推移也在不断发展。现代变异可能利用不同的检测方法,但核心原则保持不变,即识别dna酶活性的存在,以帮助细菌鉴定。


2. 脱氧核糖核酸酶测试方法

(1)传统板法

脱氧核糖核酸酶(DNase)检测方法多样,每种方法都有其独特的优势。传统的平板法采用dna酶检测琼脂,被认为是金标准。这个琼脂平板含有DNA和指示染料。细菌在表面形成条纹,如果它们产生dna酶,周围的区域就会变得清晰。DNA被DNA酶分解后释放出染料,在细菌生长周围造成晕轮效应。


(2)管 DNase 测试

更简单和可能更快的方法,可以使用试管dna酶测试。此方法中,细菌培养物在含有DNA和pH指示剂的肉汤中培养。DNA酶的活性会分解DNA,导致指示剂变色,表示检测呈阳性。与平板法相比,这种方法提供了更精简的工作流程。


(3)现场测试

对于需要快速反应的情况,现场测试提供了一个方便的选择。少量细菌培养物与含有DNA和指示剂的试剂混合。如果dna酶存在,几分钟内出现颜色变化,表明阳性结果。虽然快速,但现场测试可能缺乏其他方法的灵敏度。


(4)DNA酶测试中的先进分子技术

现代的进步已经将复杂的分子技术引入dna检测领域。聚合酶链反应(PCR)等技术可以扩增与DNA酶基因相关的特定DNA序列,从而更具体、更敏感地鉴定产生DNA酶的细菌。这些前沿的方法在未来的细菌表征应用中具有巨大的潜力。


3. 脱氧核糖核酸酶测验的功能是什么?

(1)脱氧核糖核酸酶试验是用来检测生物体产生脱氧核糖核酸酶的能力。

(2)该试验也可用于区分金黄色葡萄球菌与其他葡萄球菌。

(3)它被用来区分沙雷氏菌,因为它产生一种dna酶,将非色素菌株从大多数其他肠杆菌科中分离出来。


4. 脱氧核糖核酸酶测试的原理

(1)DNA酶是水解DNA并释放游离核苷酸和磷酸盐的酶。

(2)细菌产生的脱氧核糖核酸酶是分解DNA的胞外内切酶,产生高浓度的寡核苷酸。

(3)检测这些酶的培养基可以用各种指示剂(甲苯胺蓝或甲基绿)制成,也可以不用指示剂来检测DNA的水解。

(4)第一种方法在没有指示符的情况下执行。加入HCl后,琼脂的清净表明了DNA的水解(寡核苷酸溶解在酸中,形成一个清净区,但DNA盐不溶)。

(5)当加入甲基绿指示剂时,DNA与甲基绿结合产生绿色。

当DNA水解时,复合物被释放,释放的甲基绿在pH为7.5时无色。

(6)当加入甲苯胺蓝O (TBO)时,与DNA形成复合物,当DNA被水解时改变其结构,从而产生明亮的粉红色。

(7)含有染料的培养基可以抑制某些微生物的生长。使用大量的接种物可以防止这个问题,并使测试更快速,因为它可以检测到预先形成的酶。

(8)金黄色葡萄球菌具有一种热稳定酶,即热核酸酶。为了检测这种酶,首先,生物体被热破坏,然后游离的dna酶与培养基发生反应。


5. 脱氧核糖核酸酶测试在微生物学中的意义

(1)识别致病细菌

脱氧核糖核酸酶(DNase)测试在微生物学领域起着至关重要的作用,为各种应用提供了有价值的见解。它的主要功能之一是鉴定致病菌。某些与疾病有关的细菌种类,如金黄色葡萄球菌,具有dna酶活性。通过使用dna酶测试,微生物学家可以快速区分这些潜在的有害细菌和无害细菌,有助于及时诊断和适当的治疗决定。


(2)区分细菌种类

dna酶测试可区分不同的细菌种类。许多细菌分类方案将dna酶活性作为一个关键特征。分解DNA的能力或无能使科学家能够将细菌分类为特定的群体,从而进一步了解细菌的多样性以及它们在健康和疾病中的潜在作用。


(3)疾病识别中的诊断意义

dna酶检测的这种鉴别能力扩展到它在疾病识别中的诊断意义。在特定情况下,识别产生dna的细菌可以指向特定的感染。例如,在疑似肺炎病例中,dna酶检测结果呈阳性可能表明金黄色葡萄球菌感染,从而指导医生进行靶向抗生素治疗。


6. 执行脱氧核糖核酸酶测试的分步指南

6.1 DNase 培养基

酪蛋白(10g),酵母提取物(10g),脱氧核糖核酸(2g),NaCl(5g),琼脂(15g),甲基绿(0.5g),pH 7.5的胰腺消化物。


6.2 方法

(1)使用无菌环,将DNase琼脂接种给要在测试区域测试的生物体。

(2)将板在 35-37°C 下孵育 24 小时。

(3)孵育后,观察DNase与甲基绿的颜色变化。


在无指示剂的DNase琼脂中:

(4)用1N HCL溶液淹没琼脂表面。倒掉多余的酸。

(5)让试剂吸收到板中。

(6)在 5 分钟内观察菌落周围的空旷区域。


6.3 预期结果

(1)阳性:培养基在测试生物体周围是无色的。

(2)阴性:如果没有发生DNA降解,则培养基保持绿色。


7. 脱氧核糖核酸酶测试的优点和局限性

7.1 微生物学中 DNase 测试的优点

脱氧核糖核酸酶(DNase)检测在微生物学领域提供了许多优势。如前所述,其识别致病菌和区分物种的能力简化了诊断,并为靶向治疗方法铺平了道路。此外,DNase测试通常是快速且相对简单的,这使得它在资源有限的环境中成为一个有价值的工具。


7.2 DNase检测的局限性

(1)由于染料的减少,广泛或大的接种量可能导致培养基的完全脱色。在这种情况下,必须重复测试。

(2)含有甲基绿的培养基更适合有机体,比如革兰氏阴性杆状体,它们首先在培养基上生长,然后显示出阳性试验。

(3)对于莫拉菌和革兰氏阳性球菌进行图利定绿O检测,低接种量可能导致假阴性检测,因为这些微生物可能无法在培养基上良好生长。


8. 结论:拥抱脱氧核糖核酸酶测试的力量

脱氧核糖核酸酶(DNase)检测在微生物学家的研究中是一个强大的工具。它能够识别有害细菌,区分细菌种类,并有助于疾病诊断,这使它成为临床环境中的宝贵方法。虽然存在局限性,但DNA测试的持续进步为微生物学的未来带来了巨大的希望。随着我们继续探索和完善这些技术,它们对患者护理和我们对微生物世界的理解的影响肯定会显著扩大。


参考:

[1]https://microbenotes.com/dnase-test-agar-principle-procedure-and-result-interpretation/

[2]https://www.jstage.jst.go.jp/article/jgam/55/4/55_4_291/_pdf/-char/en

[3]https://microbiologyinfo.com/deoxyribonuclease-dnase-test/

[4]tandfonline.com/doi/full/10.1080/14737159.2022.2049249

[5]周志斌,杜玉霞.脱氧核糖核酸酶在呼吸系统感染中的应用进展[J].江西医药,2019,54(02):185-187.

脱氧核糖核酸酶:它的功能、分类、结构和应用? 1个回答.15人已关注
引言 脱氧核糖核酸(DNA)是生物体内存储遗传信息的重要分子,而脱氧核糖核酸酶(DNAse)则是参与DNA分解和修复的关键酶。DNAse能够加速DN...
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摔碑红螺 ,暂无简介 2023-09-04回答

引言

脱氧核糖核酸(DNA)是生物体内存储遗传信息的重要分子,而脱氧核糖核酸酶(DNAse)则是参与DNA分解和修复的关键酶。DNAse能够加速DNA链的断裂,帮助细胞进行DNA降解,起到调控基因表达和维持细胞稳态的重要作用。本文将介绍脱氧核糖核酸酶的功能、分类、结构以及其在生物学研究和医学应用中的重要性。

一、脱氧核糖核酸酶的功能

DNAse能够将DNA链切断为较短的片段,使其能够进一步被降解或修复。在细胞内,DNAse参与DNA降解的过程,从而控制DNA的稳态和维持细胞的正常功能。此外,DNAse还可以参与DNA的修复,促进DNA链的重组和修复,维护基因组的稳定性。

二、脱氧核糖核酸酶的分类

根据DNAse对DNA作用的方式和位置的不同,可以将其分为内切型和外切型两类。内切型DNAse主要存在于细胞内,通过内切作用将DNA切断成短片段。外切型DNAse则主要存在于细胞外,通过外切作用将细胞外的DNA降解。同时,根据DNAse对DNA的降解位置不同,还可将其分类为核内DNAse和胞浆DNAse。

三、脱氧核糖核酸酶的结构

脱氧核糖核酸酶的结构多样,不同类型的DNAse具有不同的结构特征。大多数DNAse都含有一个或多个特定的结构域,如核苷酸结合结构域、催化活性结构域和亚基结构域等。这些结构域协同作用,使DNAse能够准确地与DNA结合并发挥其功能。

四、脱氧核糖核酸酶在生物学研究中的应用

脱氧核糖核酸酶在生物学研究中起到重要的作用。研究人员通过使用DNAse可以检测DNA的剪切位点,从而了解DNA的酶解特性和结构,这对于深入理解基因组的调控机制至关重要。此外,DNAse还可以被用于研究细胞凋亡、DNA降解和对DNA的保护等方面的生物学过程。

五、脱氧核糖核酸酶在医学应用中的重要性

在医学领域,脱氧核糖核酸酶的重要性不言而喻。例如,DNAse已经成功应用于治疗囊性纤维化等疾病,该疾病主要是由于基因突变导致黏液的聚集和堆积。通过使用DNAse,可以分解并清除这些堆积的黏液,改善患者的生活质量。此外,DNAse还被用于研究DNA损伤与修复等方面,对于癌症的诊断和治疗都具有重要的意义。

六、结论

脱氧核糖核酸酶作为DNA的降解和修复关键酶,在生物学研究和医学应用中发挥着重要的作用。通过进一步理解脱氧核糖核酸酶的功能、分类和结构,可以更好地应用于基因组学、生物学研究和临床医学。未来,随着对脱氧核糖核酸酶的深入了解,我们可以更好地开发和应用脱氧核糖核酸酶在疾病治疗和基因工程等领域的潜力。
揭开谜团:脱氧核糖核酸酶功能的解释? 1个回答.2人已关注
脱氧核糖核酸简介: 脱氧核糖核酸酶(DNase)功能非常广泛。DNase 是水解酶,可切割糖和 DNA 磷酸骨架之间的磷酸二酯键。这些酶可能表现出...
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vpjg0171 ,暂无简介 2024-04-18回答

脱氧核糖核酸简介:

脱氧核糖核酸酶(DNase)功能非常广泛。DNase 是水解酶,可切割糖和 DNA 磷酸骨架之间的磷酸二酯键。这些酶可能表现出内源性或外源性定位。内源性核酸酶具有重要的生物学作用,包括DNA复制、染色质凝聚、重组和DNA修复。此外,这些酶可保护细胞免受外源性DNA的摄入,并与细胞DNA代谢有关。根据这些酶催化的 DNA 切割是否发生在 DNA 分子断裂后形成的 5' 或 3' 末端或末端,DNase 被分类为核酸内切酶或核酸外切酶。DNase 有两个主要家族:DNase I 和 DNase II。两个 DNase 家族都是核酸内切酶,但具有不同的生物和生化特性。核酸酶的 DNase I 家族切割 DNA,产生 5′-P 和 3′-OH 末端。DNase II核酸酶通过单链裂解机制水解DNA分子的磷酸二酯骨架,产生5′-OH和3′-P末端。DNase I家族包括四种酶:DNase I, DNase X, DNase γ和DNAS1L2。DNase I核酸酶在中性pH下Ca2+和Mg2+均具有充分活性。虽然DNase I和DNAS1L2是分泌蛋白,但DNase γ和DNase X由于其c端结构域而保留在细胞内。DNase II 家族的成员几乎存在于所有组织中。它们存在于溶酶体中,因此在酸性pH值下具有活性,而不需要阳离子作为其活性的辅助因子。然而,二价阳离子如Zn2+和铜2+Na等单价阳离子(高浓度)抑制DNase II活性。

DNase活性受底物特异性调节,以防止染色体DNA的意外降解。根据其功能,DNase 具有不同的亚细胞定位,反过来,根据它们的亚细胞定位,相同的 DNase 可能具有不同的功能。


1. 了解脱氧核糖核酸酶在 DNA 分解中的作用

1)作用机制:脱氧核糖核酸酶如何分解 DNA?

DNA酶的作用是水解DNA主干中连接糖和磷酸基团的磷酸二酯键。把DNA想象成一条长链,每一个链接都是连接糖分子的磷酸二酯键。DNA酶就像分子剪刀一样,切断这些键,将DNA链分解成更小的片段。不同的dna酶类型表现出不同的特异性。一些以特定的序列切割DNA,而另一些则更随机。


2)脱氧核糖核酸酶在细胞过程中的重要性

dna酶参与了几个关键的细胞过程。程序性细胞死亡,或细胞凋亡,利用DNA酶来分解垂死细胞的DNA。这可以防止有害遗传物质的释放,促进死细胞的有序清除。此外,DNA酶还通过靶向特定DNA序列进行降解来调节基因表达。这使得细胞可以在任何给定的时间控制哪些基因是活跃的。


3)脱氧核糖核酸酶参与DNA复制吗?

脱氧核糖核酸酶不直接参与DNA复制。DNA复制,即细胞分裂前复制细胞DNA的过程,需要酶来构建新的DNA链。这些酶与DNA酶相反,将核苷酸连接在一起,产生原始DNA分子的复制品。


2. 探索胰腺脱氧核糖核酸酶的功能

1)胰腺脱氧核糖核酸酶的功能是什么?

胰腺脱氧核糖核酸酶(DNase 1)是四种已知的哺乳动物脱氧核糖核酸酶之一,是在胰腺和腮腺及其分泌液中发现的分泌酶。它也存在于精液、血清和尿液中,在其他一些组织中的含量要低得多。一些人认为其他组织中的 DNase 1 是属于 DNase 1 家族的不同相关酶。血清和尿液中的DNase被认为来源于胰腺。虽然它主要被认为是一种消化酶,其功能是分解消化道中的 DNA,但已经提出了其他功能,包括细胞凋亡中 DNA 的降解。Napirei 等人使用天然 PAGE 酶谱法检测组织活性,并通过 DNase 1 小鼠中不存在 DNase1 来证实 DNase1 在许多组织中鉴定。

在功能上,DNase 1 是一种二价阳离子依赖性核酸内切酶,通常在一条链上切割双链 DNA,并产生具有 5' 磷酸化和 3' 羟基末端的寡核苷酸。切割不是序列或碱基特异性的,但切割速率是序列特异性的。它在 pH 值为 7.5 时最活跃,除大鼠外,大多数物种均可被球状肌动蛋白抑制 。单体肌动蛋白以一对一的复合物结合,抑制 DNase 活性和球状肌动蛋白聚合的能力。DNase 1 与 DNA 小沟中的约 10 个碱基对结合。牛胰腺 DNase 的三维结构已经确定,它由两个 6 链 β 折叠组成,形成夹心结构。

DNase 1 有多种亚型,其起源和功能尚不完全清楚。Takeshita 等人从 14 种不同的人类和多种动物组织中纯化了 DNase 1。人和猪在胰腺中的浓度最高,而大鼠和小鼠在腮腺中的浓度最高,牛和兔是混合的。他们将DNase分为三种类型,胰腺,腮腺和混合。胰腺 DNase 1 被证明对酸敏感,而腮腺则不然。其他人已经表明,人和牛 DNase 1 可以在等电聚焦时分为 4 – 8 条带。Abe 和 Liao 报告说,牛胰腺和腮腺 DNase 之间的差异是由于它们的糖链而不是蛋白质序列。然而,Yasuda 等人报道了两个个体表现出遗传多态性,它们在成熟酶的 222 位产生 Gln 或 Arg 的一个碱基中不同 。在过去十年中,大多数作者认为碳水化合物和蛋白质的差异有助于多种亚型,尽管这些亚型的功能意义尚不清楚。


2)胰腺脱氧核糖核酸酶在消化中的独特作用

胃中的酸将组蛋白等蛋白质与主要以双螺旋形式存在的 DNA 分离。DNA 最初由胃酶胃蛋白酶分解成称为寡核苷酸的小片段,然后在更大程度上由胰腺 DNase 1 分解。胃蛋白酶使用相同的活性位点来分解肽键以切割 DNA。胰腺 DNase 在消化中的重要性可能会受到质疑,因为 DNase 1 基因缺失的小鼠正常生长。然而,在这些动物中没有测量到DNA的实际消化,DNA可以从头开始合成。

少量核苷酸被小肠吸收,但大多数寡核苷酸在小肠中被刷状边缘酶(如 5'-核苷酸酶和碱性磷酸酶)进一步分解为核苷酸和核苷。核苷可以被核苷酶进一步分解,产生有机嘌呤和嘧啶碱基,这些碱基也可以被吸收;结肠中不会发生 DNA 消化 。


3. 比较分析:脱氧核糖核酸酶和核糖核酸酶

1)脱氧核糖核酸酶和核糖核酸酶的功能是什么?

虽然脱氧核糖核酸酶(DNase)和核糖核酸酶(RNase)都属于被称为核酸酶的同一个酶家族,但它们有不同的目标。脱氧核糖核酸酶,顾名思义,专门分解脱氧核糖核酸(DNA),即细胞核内的遗传物质。相反,核糖核酸酶靶向核糖核酸(RNA),这是一种参与各种细胞功能(如蛋白质合成)的分子。它们的目标分子的这种根本差异支撑了它们在细胞内的独特作用。


2)探索脱氧核糖核酸酶和核糖核酸酶的重叠功能

根据DNase或RNase的特定类型,在功能上可能有一些轻微的重叠。例如,某些dna酶在某些条件下会表现出较弱的RNase活性。然而,这些都是例外,而不是规则。一般来说,DNase和RNase在细胞内保持着明确的分工,分别保证了DNA和RNA分子的靶向分解。


4. 脱氧核糖核酸酶研究的未来

目前的一个趋势是设计具有增强特性的dna酶。科学家们正在创造具有更高特异性的DNA酶变体,使他们能够针对特定的DNA序列进行基因编辑或疾病诊断等应用。研究正在探索在新的治疗策略中使用dna酶。目前正在积极研究利用DNA酶靶向分解囊性纤维化或自身免疫性疾病等有害DNA的可能性。

纳米医学等新兴技术为DNase的未来带来了进一步的希望。科学家们正在探索将dna酶结合到纳米颗粒中,以便在体内靶向递送的可能性。这可能会彻底改变治疗方法,允许在特定疾病部位精确分解DNA。随着研究的深入,DNase将在塑造医学和DNA操作的未来方面发挥更重要的作用。


5. 结论:揭开脱氧核糖核酸酶功能之谜

在本文中,我们介绍了脱氧核糖核酸酶(DNA酶)的功能,深入探讨了其在生物学过程中的关键作用。通过了解脱氧核糖核酸酶的结构和功能,我们揭示了其复杂性和重要性。脱氧核糖核酸酶在DNA修复、DNA合成和基因重组等生物学过程中发挥着关键作用,为细胞生存和遗传信息传递提供了必要的支持。我们对脱氧核糖核酸酶功能进行了深入思考,认识到其在生命科学领域的重要性和潜力。未来,进一步探索脱氧核糖核酸酶的功能机制将有助于我们更全面地理解生物学过程,推动科学研究和生物技术的发展。揭开脱氧核糖核酸酶功能之谜,将为我们探索生命的奥秘提供更多的启示和可能性。


参考:

[1]https://www.excedr.com/resources/what-is-rnase-the-basics-of-ribonuclease

[2]https://www.pancreapedia.org/molecules/pancreatic-dnase

[3]https://www.mdpi.com/2218-273X/14/3/304

[4]ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5449587/

脱氧核糖核酸酶如何发挥作用? 1个回答.1人已关注
引言: 脱氧核糖核酸酶(DNase)是一类关键的酶,在细胞内起着重要作用。它们能够切割DNA分子,从而参与DNA修复、DNA复制和基因表达等生物...
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qoaw6124 ,暂无简介 2024-04-23回答

引言:

脱氧核糖核酸酶(DNase)是一类关键的酶,在细胞内起着重要作用。它们能够切割DNA分子,从而参与DNA修复、DNA复制和基因表达等生物学过程。DNase的活性和特异性对细胞的生存和功能至关重要。了解脱氧核糖核酸酶如何发挥作用,不仅可以深化我们对细胞生物学的认识,还有助于揭示疾病发生机制以及开发新的治疗方法。在本文中,我们将探讨脱氧核糖核酸酶的作用机制及其在细胞生物学和医学领域中的重要性。


1. 脱氧核糖核酸酶简介

血清中存在细胞外DNA (ecDNA)是几十年前由Mandel和Metais首次描述的。循环中的DNA主要来源于血液和因细胞凋亡、坏死和NETosis引起的组织细胞,但也可以通过活细胞的积极分泌产生。DNA作为核内遗传信息的载体,其结构和遗传作用在被释放到细胞外空间后完全改变。与DNA结合蛋白(如组蛋白、高迁移率族结合蛋白1、乳铁蛋白)相关的ecDNA分子具有激活各种DNA感知受体的能力。这些受体系统,也称为模式识别受体,位于细胞膜的两侧,识别ecDNA作为一种损伤相关的分子模式。这种激活导致免疫细胞的刺激、炎症的诱导和NETosis。因此,在各种炎症性疾病的血浆中发现了高浓度的ecDNA,可能是一个治疗靶点。

利用脱氧核糖核酸酶(dnase)裂解ecDNA是维持ecDNA低浓度的生理途径之一。DNA酶是能够水解DNA分子磷酸二酯键的酶类。它们可分为生化和生物学特性不同的两个家族——DNaseⅰ和DNaseⅱ家族。它们都具有水解DNA的能力。dna酶由多种基因编码并在许多组织中表达。其中一些是分泌的,因此,DNA酶可以在细胞内和细胞外空间切割DNA。ecDNA首先由细胞内dna酶裂解产生,随后由细胞外dna酶继续裂解。DNA酶的进化起源仍存在争议,但一个强有力的假说是,DNA酶起源于真核生物,与细菌吞噬作用一起促进细菌DNA的降解。dna酶ⅰ家族包括dna酶ⅰ、dna酶1l1、dna酶1l2和dna酶1l3,而dna酶ⅱ家族包括dna酶ⅱα和dna酶ⅱβ。虽然L-DNaseⅱ被认为是DNaseⅱ家族的一部分,但假定的基因是SERPINB1,而不是DNaseⅱα和DNaseⅱβ中的DNase。脱氧核糖核酸酶(dnase)的分类如下图所示:


2. 脱氧核糖核酸酶的结构

脱氧核糖核酸酶类(DNA酶类)是一类能够分解DNA磷酸二酯键的酶。它们有不同的形式和不同的结构,但有一些共同的特征将它们统一起来。以下是它们的主要结构特征和功能域的分解:


2.1 主要结构特点

(1)蛋白质结构:大多数dna酶由α (α)和β (β)组成,形成α/β折叠。这种排列为酶创造了稳定的结构。

(2)糖蛋白:许多dna酶是糖基化的,这意味着它们的蛋白质骨架上有糖链。这些碳水化合物可以在蛋白质的稳定性、溶解性和靶向性方面发挥作用。

(3)金属离子结合:许多dna酶需要二价金属离子,如镁(Mg2+)或钙(Ca2+),进行催化。这些金属离子有助于协调反应并稳定DNA中带负电荷的磷酸基。


2.2 功能域

(1)催化域:该酶区域含有催化所必需的氨基酸残基。这些残基共同作用使DNA中的磷酸二酯键断裂。

(2)底物结合域:这部分酶负责识别和结合DNA。它通常包括补充DNA分子形状和电荷的口袋或凹槽。


DNase I:这种特征明确的酶具有经典的α/β三明治结构。它优先在糖基与嘧啶核苷酸连接的位点切割DNA。结构研究已经显示了该酶如何与DNA骨架相互作用以及金属离子如何定位以促进催化。


DNase II:这种酶具有同源二聚体结构,这意味着它由两个相同的亚单位组成。在酸性pH下发挥最佳功能,并且不需要金属离子发挥活性。结构研究揭示了一种可容纳双链DNA的u型钳。


了解dna酶的结构对于开发新的药物和疗法至关重要。通过靶向这种酶的特定区域,科学家可以创造出抑制其活性或改变其功能的分子。这一知识对于治疗癌症和自身免疫性疾病等疾病是有价值的,这些疾病的DNA降解是一个因素。


3. 脱氧核糖核酸酶如何发挥作用?

有一些DNA酶专门切割或“切割”DNA分子末端的残基,这类核酸外切酶被称为脱氧核糖核酸外切酶。有些DNA酶对其切割的DNA序列缺乏特异性,而另一些如限制性内切酶则具有很强的序列特异性。另外,还有一些DNA酶只能切割双链DNA,有些对单链分子有特异性,还有些则对两者均具有活性。

DNase的作用可以分为三个阶段:首先,在磷酸二酯骨架中引入多个刻痕;其次,产生酸溶性核苷酸;最后,在终末阶段,由寡核苷酸的还原组成,导致紫外线数据的增色位移。其机制具体如下:


(1)DNase I机制

DNase I主要作用于双链DNA,也有少量作用于单链DNA裂解。DNA酶 I通过在一条链上切取磷酸二酯键来催化非特异性DNA裂解。其裂解位点位于3 ' -氧原子和相邻的磷原子之间,产生3 ' -羟基和5 ' -磷酸化基寡核苷酸,其构型在磷上发生反转。dna酶的正常功能依赖于二价阳离子的存在,通常是Ca2+。DNase I的活性位点包括两个组氨酸残基(His134和His252)和两个酸性残基(Glu78和Asp 212),它们对磷酸二酯键的一般酸碱催化都是至关重要的


(2)DNaseII作用机制

脱氧核糖核酸酶II (DNase II)也被称为酸性脱氧核糖核酸酶,因为它通常在高等真核生物的溶酶体的低pH环境中具有最优的活性。某些形式的重组DNase II在无二价金属离子的低pH条件下表现出高水平的活性,类似于真核生物DNase II。与DNase I不同,DNase II裂解5'-氧原子和相邻磷原子之间的磷酸二酯键,产生3?-phosphorylated和5?-hydroxyl核苷酸。


4. 脱氧核糖核酸酶在消化中的作用

DNase I主要由消化系统的器官产生,如胰腺和唾液腺。目前已知的哺乳动物DNase I有3种类型:胰腺型、腮腺型和胰-腮腺。进化的饮食习惯与消化系统中DNase I的组织分布有关。人和猪是杂食动物,它们有胰腺型的DNase I,而啮齿类动物,如老鼠和大鼠,它们的腮腺中产生DNase I。牛和兔产生一种胰腺-腮腺型DNase I。所有类型的酶都从这些器官分泌到肠道,在那里它们暴露在不同的条件下。胰腺型DNase I作为胰液的一种成分分泌到小肠。这种酶对pH变化比腮腺型和胰-腮腺型的DNase I更敏感,后者即使在胃内的低pH也能有活性。研究表明,这两种类型的DNase I的dna酶活性的保存是通过改变它们的构象来实现的。


(1)DNase的消化:从口腔开始

当食物进入我们的口腔,分解过程就开始了。在各种酶中发挥作用的是脱氧核糖核酸酶。DNA不是膳食能量的主要来源,含量很少,尤其是在动物性食物中。DNA酶起作用时,分解将DNA的糖和磷酸骨架连接在一起的磷酸二酯键。这种碎片化允许释放更小的成分,核苷酸,然后我们的身体可以利用或消除。


(2)断裂键:DNase对营养吸收和肠道健康的贡献

dna酶类在帮助另一重要分子RNA的消化方面起着更重要的作用。动物和植物性食物中都存在的膳食RNA对肠道健康至关重要。通过将RNA分解成更小的核苷酸,dna酶有助于营养吸收的整体效率。此外,肠道微生物群(肠道内的微生物群落)利用这些核苷酸进行自身的生长和功能。健康的肠道微生物群对于消化、免疫功能和整体健康至关重要。

虽然具体机制仍在探索中,但研究表明,DNase活性也可能影响肠道菌群的组成。通过调节核苷酸的可用性,dna酶可能在促进有益菌的生长中发挥作用。了解dna酶、肠道微生物群和营养吸收之间的这种复杂相互作用,为促进消化系统健康的潜在应用铺平了道路。


5. 超越消化:DNase的多种功能

(1)免疫卫士:DNase 在先天防御机制中的作用

在我们先天免疫系统的第一道防线中起着关键作用。死亡细胞或细菌等外来入侵者释放的细胞外DNA可以引发炎症。DNA酶通过分解这些细胞外DNA,阻止其激活有害的免疫反应,起到分子卫士的作用。这有助于维持免疫稳态,防止过度炎症引起的组织损伤。


(2)细胞外 DNase:对炎症和自身免疫性疾病的影响

DNase活性的重要性延伸到各种健康状况。在一些疾病中,如囊性纤维化和狼疮,DNA酶功能的缺陷会导致细胞外DNA的积累。这种累积会引发慢性炎症并导致组织损伤。研究表明,DNase替代疗法可能是一种通过减少炎症和促进愈合来管理这些疾病的潜在方法。

血浆中高浓度的ecDNA与各种疾病有关。然而,它不仅仅是一种生物标志物,因为它被认为是一种与损伤相关的分子模式并激活免疫反应。DNase的清除,主要是通过DNase I,它水解血液中的DNA,可能是调节ecDNA浓度的机制之一,从而防止炎症的诱导。因此,事实证明DNase活性可能是各种疾病的生物标志物也就不足为奇了。与健康人相比,恶性胃癌、结肠癌和胰腺癌以及恶性淋巴瘤患者的DNase活性较低。相反,在乳腺癌和口腔癌患者中观察到高血清DNase活性。对 DNase I 不同表型的研究表明,具有 DNASE1*2 多态性的表型 2 可能是胃癌和结直肠癌发展的良好预测因子,而与其他类型的癌症没有发现这种关联。急性心肌梗死是下一个与DNase活性异常有关的疾病。缺血性心脏病患者表现为心肌梗死,DNase活性升高,但这一特征尚未被证实为生物标志物。DNASE1*2等位基因也与心肌梗死的高风险有关。它也可能是冠状动脉粥样硬化病变破裂的遗传危险因素,导致心肌梗死。然而,DNase活性在生物医学中的作用并不局限于诊断或筛选ecDNA,因此,DNase也是一个关键的治疗靶点。


(3)治疗潜力:探索 DNase 在医学中的应用

DNase抑制肿瘤细胞的增殖。在几项研究中,表明DNase治疗可以防止小鼠移植皮下肿瘤细胞的血源性肝转移,也可以防止大鼠腹水肿瘤细胞的转移。同一研究小组表明,静脉注射DNase I可增强肺微血管系统中的肿瘤细胞停滞。Linardou等人测试了哺乳动物DNase-I的细胞毒性潜力及其在肿瘤靶向策略中的可能用途。他们设计并构建了一种由DNase I和单链Fv片段抗体组成的嵌合分子,该分子针对人胎盘碱性磷酸酶,该分子在体外具有抗原结合和DNA裂解活性,并且在表达特异性抗原的细胞中具有高度细胞毒性。因此,DNase I为靶向特定细胞提供了一种潜在的治疗策略。然而,还需要进一步的研究。此外,DNase I活性可能是肝癌的新型生物标志物。虽然未观察到总ecDNA与肝癌风险之间存在关联,但DNase活性较高的患者存在风险。

目前正在研究针对各种炎症性和自身免疫性疾病的基于dna酶的治疗方法。在囊性纤维化中,吸入DNase已被证明可通过降低黏液黏稠度和缓解呼吸困难来改善肺功能。同样,评估DNase在治疗狼疮和类风湿关节炎等其他疾病中的疗效的研究正在进行中。这些进展凸显了DNase疗法在调节炎症和改善患者结局方面的潜力。


6. 脱氧核糖核酸酶将 DNA 分解成什么?

当DNA酶分解DNA时,它们切断骨架中糖和磷酸基团之间的磷酸二酯键,使DNA分子片段化。这些片段是独立的核苷酸,是DNA的组成部分。每个核苷酸由一个糖分子(DNA中的脱氧核糖)、一个磷酸基和一个含氮碱基(腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶或胸腺嘧啶)组成。这些核苷酸的特定序列决定了储存在DNA中的遗传密码。dna酶的断裂模式可以根据dna酶的类型及其靶点而变化。这会影响产生的核苷酸片段的大小和功能。了解这些分解途径及其生物学后果在包括分子生物学、医学和法医学在内的各个领域至关重要。


7. DNase 活性的调节

DNA酶活性在细胞内受到严格调控,以确保DNA的正常代谢和防止失控的降解。若干机制有助于这方面的控制,包括:

(1)基因表达调控

编码dna酶的基因受多种因素调控,影响dna酶的产生量。这使得细胞可以根据其特定的需要控制dna酶的水平。


(2)翻译后修饰:

dna酶活性可通过将化学基团连接到酶蛋白来调节。这些修饰可以激活或抑制酶,取决于具体的修饰。


(3)细胞内定位:

dna酶常靶向细胞内的特定区室。这种区室化确保DNA酶活性被限制在适当的位置,并防止意外的DNA裂解。


理解这些调节机制对于理解细胞如何保持DNA完整性以及DNA酶活性失调如何导致疾病状态至关重要。


8. 结论:解开脱氧核糖核酸酶之谜

综上所述,解开脱氧核糖核酸酶之谜不仅揭示了其结构和功能的复杂性,还为生物医学研究及其他领域带来了深远影响。从结构到功能的探索不仅拓展了我们对生物学过程的理解,还为未来的科学研究和生物技术发展提供了新的可能性。因此,我们呼吁广大科研工作者和生物领域的从业者,积极研究脱氧核糖核酸酶,共同开启解锁生物前沿的潜力之旅。


参考:

[1]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7407206/

[2]https://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribonuclease

[3]https://www.uhhospitals.org/health-information/health-and-wellness-library/article/adult-diseases-and-conditions-v1/the-digestive-process-digestion-begins-in-the-mouth

[4]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC108430/

请问DNA和RNA杂交后,能特异性降解DNA链的那个酶叫什么? 4个回答.1人已关注
听众 ,给排水工程师 2020-11-08回答
我用的是体外转录试剂盒中带的DNase,应该非特异性的降解模板DNA的...
请问这个体外转录试剂盒是什么牌子和货号呢?

什么酶可以把长链的双链DNA切割成单核苷酸呀? 4个回答.21人已关注
岁月_ ,化工研发 2018-12-01回答
非常感谢您的回复!请问,可以详细解释一下DNase I和S1吗?有文献可以参考吗?十分感谢!!!... 好久没上盖德了,你其实可以查一下NEB或MSI的核酸酶手册,很容易找到合适酶组合,
脱氧核糖核酸酶的作用是什么? 1个回答.6人已关注
脱氧核糖核酸酶是一种能够切割DNA的酶,也被称为脱氧核糖核酸酶。它在修复受损的DNA中起着重要的作用。细菌脱氧核糖核酸酶是基因工程技术...
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行云姝美 ,暂无简介 2023-07-25回答

脱氧核糖核酸酶是一种能够切割DNA的酶,也被称为脱氧核糖核酸酶。它在修复受损的DNA中起着重要的作用。细菌脱氧核糖核酸酶是基因工程技术中的重要工具。重组人脱氧核糖核酸酶I以气雾剂的形式提供给囊性纤维化患者。DNase有多种类型,但它们都有一个共同点,即破坏构成DNA骨架的碱基的磷酸键。外切脱氧核糖核酸酶从构成DNA分子的基链末端切割DNA并向内移动。

这些酶作用于单链DNA,具有非特异性。有些酶非常具体,需要特定的碱基序列才能发挥作用,而另一些则是非歧视性的,可以在任何地方切割。DNA酶参与受损DNA的修复。人类产生两种不同类型的DNase,它们是核酸内切酶。DNase I和II的不同之处在于它们产生的产物和它们具有活性的pH值。DNase II可能参与程序性细胞死亡或靶向细胞死亡。囊性纤维化的特征是肺部粘液过多。脱氧核糖核酸酶在高等生物中的主要功能是DNA修复。

DNA可通过多种机制受损,其中一种修复途径涉及切除受损DNA。核酸内切酶识别受损的DNA并在受损的两侧进行切割。然后,脱氧核糖核酸外切酶去除受损的DNA,留下一个空隙,DNA聚合酶或一种合成DNA的酶可以填补空隙。脱氧核糖核酸酶用于治疗囊性纤维化患者。DNA修复也发生在DNA生成过程中。如果检测到错误,它会被具有脱氧核糖核酸酶活性的DNA聚合酶固定。它剪错碱基,人脱氧核糖核酸酶具有临床应用价值。患有囊性纤维化的人在粘液中积聚的白细胞中有大量DNA。重组人脱氧核糖核酸酶I以气雾剂的形式给予这些患者。它会降解DNA并帮助清除肺部粘液。该疗法于1993年在美国获得批准。

脱氧核糖核酸酶作为限制酶具有很大的用途。一些核酸内切酶仅在特定碱基处切割。它们可用于分解DNA,产生可通过凝胶电泳分离的片段,从而产生特定的模式。在人类中,如果使用高度可变的DNA区域,消化可以产生独特的模式,如指纹。这种指纹在亲子鉴定和法医工作中非常有用。细菌DNase分解入侵生物体的DNA,例如病毒,这些生物体往往针对DNA上非常特定的目标。这些限制酶的发现帮助启动了生物技术革命。切割的特异性使研究人员能够在基因工程实验中使用这些酶。脱氧核糖核酸酶是一种参与修复受损DNA、临床上用于治疗囊性纤维化的酶。

求教!急!qPCR内参Ct值高至35!但之前同样的手法都能跑出来Ct18-19!? 12个回答.11人已关注
感觉浓度可以提一提。看260/280的比值是DNA居多,可以在洗脱前一步加DNAse I消化5min PS 我自己也遇到了个问题,楼主你组织是如何存放的?...
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若你曾听闻 ,设备工程师 2020-11-01回答
感觉浓度可以提一提。看260/280的比值是DNA居多,可以在洗脱前一步加DNAse I消化5min   PS 我自己也遇到了个问题,楼主你组织是如何存放的?有没有加辅助存放的试剂,例如rna later或者rna 稳定剂?  我现在的情况是 ...
我最终的原因有点狗血 师姐替我做了一次 也得到相同的ct不正常值。我们现在怀疑它不是鼠源细胞,但来源也很难追究。您说的组织我经验不多,但看我实验室人操作就是单纯冻在-80,没有额外试剂。
什么是脱氧核糖核酸酶? 1个回答.12人已关注
引言: 什么是脱氧核糖核酸酶?脱氧核糖核酸酶( DNA酶)是一类在生物学和分子生物学中起关键作用的酶类。DNA酶具有特异性地水解DNA链的能...
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clpj3782 ,暂无简介 2024-04-18回答

引言:

什么是脱氧核糖核酸酶?脱氧核糖核酸酶(DNA酶)是一类在生物学和分子生物学中起关键作用的酶类。DNA酶具有特异性地水解DNA链的能力,是DNA修复、DNA合成和基因重组等重要生物学过程中不可或缺的参与者。深入了解脱氧核糖核酸酶的结构和功能,我们可以揭示其复杂性及其在细胞内的作用机制,以及有助于我们更全面地认识这一重要酶类的生物学特性。


1. 脱氧核糖核酸酶定义

脱氧核糖核酸酶(简称DNase)是指一组糖蛋白内切酶,这些酶催化DNA主链上磷酸二酯键的水解裂解,从而降解DNA。DNA酶在细胞中的作用包括分解细胞凋亡、坏死和中性粒细胞胞外陷阱(NET)分泌的细胞外DNA (ecDNA),以帮助减少炎症反应,否则会引起炎症反应。各种各样的脱氧核糖核酸酶是已知的,属于两个家族之一(DNase I或DNase II),它们在底物特异性,化学机制和生物学功能上有所不同。dna酶的实验室应用包括纯化原核生物中提取的蛋白质。此外,dna酶已被应用于治疗由血浆中ecDNA引起的疾病。在研究领域也出现了dna酶的测定方法。


2. 脱氧核糖核酸酶是消化酶吗?

脱氧核糖核酸酶(DNase)可能听起来像一种消化酶,但实际上它在分解我们的食物中并不起主要作用。我们的消化系统依赖于一组专门的酶,每一种酶都有一个特定的目标。淀粉酶处理碳水化合物,脂肪酶分解脂肪,蛋白酶专门分解蛋白质。这些酶共同作用,将食物分子转化为我们身体可以吸收的更小的成分。

DNA酶专注于一个不同的任务——分解细胞内的遗传物质DNA。虽然少量的dna酶可能存在于肠道微生物或我们的体液中,但它在消化系统中的主要作用尚未确定。


3. 脱氧核糖核酸酶分解什么?

脱氧核糖核酸酶(DNase)专门分解脱氧核糖核酸(DNA),在生物体中携带遗传信息的分子。DNA酶可切割DNA主干内连接核苷酸的磷酸二酯键。这会将DNA分子分解成更小的片段。

一些DNA酶只切割或“切割”DNA分子末端的残基。这种类型的外切酶被称为外脱氧核糖核酸酶。还有一些酶沿着链的任何地方进行切割,被称为内切核糖核酸酶(内切酶的一个子集)。一些DNA酶对其切割的DNA序列是相当不加区分的,而其他酶,包括限制性内切酶,则是非常特定于序列的。其他的DNA酶只切割双链DNA,其他的对单链分子有特异性,还有的对两种分子都有活性。

dna酶的作用分三个阶段进行。初始阶段在磷酸二酯主链中引入多个缺口。第二阶段产生酸溶性核苷酸。第三阶段,即终末阶段,由寡核苷酸的还原组成,导致紫外线数据的超色偏移。


4. 脱氧核糖核酸酶在哪里产生?

我们的身体在不同的位置可以产生脱氧核糖核酸酶(DNase),每个位置都起着特定的作用。胰腺是一个关键的制造者,向消化系统释放一种称为DNase I的dna酶。虽然它在这里的确切功能仍在调查中,但它可能有助于分解食物或死细胞中的游离DNA分子。此外,白细胞,特别是中性粒细胞,配备了DNase来拆除中性粒细胞细胞外陷阱(NETs)。net是含有DNA的网状结构,有助于捕获和消除病原体,但DNA酶的活性确保它们及时分解,以防止组织损伤。

除了我们自己的细胞之外,肠道微生物群还拥有各种各样的细菌,其中一些可以产生dna酶。这些细菌酶可能通过靶向死亡或垂死细菌的DNA来塑造肠道微生物群,从而影响整个细菌群落。


5.脱氧核糖核酸酶在研究和医学中的意义

1)脱氧核糖核酸酶在科学研究中的作用

脱氧核糖核酸酶(DNase)在科学研究中发挥着关键作用,特别是在DNA分析领域。它的主要功能之一是DNA提取,即从细胞中分离DNA的过程。DNA酶有助于从RNA或蛋白质等来源去除受污染的DNA,确保为后续分析技术提供更纯净的样品。这种纯化的DNA可以用于各种研究应用,如基因克隆、测序和基因检测。通过消除不需要的DNA, DNase确保了这些研究工作的准确性和可靠性。


2)脱氧核糖核酸酶的医学应用

dna酶在医学上的治疗和诊断潜力也越来越多地被探索。在囊性纤维化(CF)中,肺部黏液积聚会导致严重的并发症。研究人员正在研究使用吸入DNA酶来分解黏液中的细胞外DNA,可能有助于其清除并改善CF患者的肺功能。此外,dna酶根据其dna酶活性识别特定细菌菌株的能力为开发感染的快速诊断测试带来了希望。DNA酶还可能通过分解中性粒细胞胞外陷阱(NETs)在自身免疫性疾病中发挥作用,NETs是由白细胞释放的DNA网,可导致组织损伤。


3)未来展望

科学家们正在探索使用具有增强特性的工程dna酶用于目标应用。例如,修饰过的DNA酶可用于特异性地切割致病DNA序列,或用于针对特定条件创建靶向疗法。随着研究深入挖掘dna酶的潜力,这种多功能酶将在塑造医学和科学发现的未来中发挥更大的作用。


6. 脱氧核糖核酸酶如何影响 DNA 和基因工程

脱氧核糖核酸酶(DNase)对生命的基本组成部分——DNA有着强大的影响。通过切割DNA主干内连接核苷酸的磷酸二酯键,DNA酶可以显著影响其结构和完整性。这种受控的破坏在各种生物过程中起着至关重要的作用。例如,程序性细胞死亡或细胞凋亡,利用DNA酶的活性来分解垂死细胞中的DNA。DNA酶还通过靶向特定的DNA序列降解来帮助调节基因表达。

在基因工程领域,科学家们已经利用DNA酶的力量来精确地操纵DNA。像DNA断裂这样的技术,将DNA分解成更小的片段,通常利用DNA酶。这些片段可以用于各种目的,例如基因克隆或创建用于DNA分析的探针。此外,研究人员正在探索在基因工程中靶向应用具有增强特性的工程dna酶变体的使用。这些修饰过的酶可能有望在基因组内所需的位置产生高度特异性的DNA断裂,为更精确、更有效的基因编辑技术铺平道路。


7. 结论:拥抱脱氧核糖核酸酶的力量

脱氧核糖核酸酶(DNA酶)作为生物学领域中至关重要的酶类,其结构和功能的复杂性为科学研究和生物技术的发展提供了无限可能。通过本文的探讨,我们从定义脱氧核糖核酸酶开始,深入探讨了其在生物学过程中的关键作用和应用。因此,我们鼓励读者进一步探索脱氧核糖核酸酶的力量,深入研究其结构和功能,以更好地理解DNA分子的生物学机制。拥抱脱氧核糖核酸酶的力量,将为我们开启更广阔的科学探索之路,为生命科学领域的进步贡献更多的智慧和创新。


参考:

[1]https://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribonuclease

[2]https://www.webmd.com/diet/what-are-digestive-enzymes

[3]https://www.pancreapedia.org/molecules/pancreatic-dnase

[4]https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31575796/

[5]https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/deoxyribonuclease#

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°黎薄丶°葑薄 ,给排水工程师 2019-03-12回答
一般组织或临床样本的CT值会比细胞的高一点,但你这个有点太高!有几个可能性。1、最有可能是RNA降解严重,按你的ct值来看,可能10%的RNA都降解了。建议电泳看看RNA是不是降解比较严重。2、逆转可能出问题,可能是逆转试剂有问题,也可能逆转程序没设置好,也可能是逆转前RNA没有预热变性。建议重新收个细胞抽RNA按标准程序逆转一下,看看ct值会不会正常。3、有DNA污染,不知道你是怎么抽提的,组织研磨之后有没有用PBS洗,可能在抽提的时候有DNA混进去了,如果担心有DNA酶污染就用DNASE I处理一下再逆转。
 
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