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吲哚乙酸（indole3-acetic acid,IAA）与色氨酸的化学结构相似，色氨酸是合成IAA的主要前体。植物可以通过多条途径将色氨酸转变为IAA，也可以通过非色氨酸依赖途径合成IAA。这些途径通常以关键的中间产物命名，其中，吲哚-3-丙酮酸途径是IAA生物合成的主要途径：首先，色氨酸经过色氨酸氨基转移酶的催化，脱氨反应生成吲哚-3-丙酮酸，然后在黄素单加氧酶的作用下生成IAA。
IAA的代谢主要包括结合物的形成、水解及降解。大部分IAA以结合物的形式存在，可以与氨基酸、糖类、肌醇结合。结合态的IAA本身没有活性，当它们被水解时，释放出游离态IAA。高浓度的IAA对细胞有毒作用，可以通过多种酶促反应降解，光照下也可非酶促氧化。植物组织内的IAA水平受到合成与代谢的调节。
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