流式细胞仪对微藻和细菌分别计数求教？

我在进行细菌和微藻的混合培养，看到文献中都是用流式细胞仪进行计数，他们做的是酵母和微藻，利用微藻叶绿素自荧光区分二者。
我的这个菌也有叶绿素，而且我要做异养培养，后面不能合成叶绿素。
请问我应该怎么设置参数去计数呢？
两者有显著大小区别，荧光染色之后，使用SSC对FSC作图。
可是我没用过流式细胞仪，咨询负责仪器的老师他说他也不知道计数是怎么操作的
求大神可以指教一下哈！

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