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质粒双酶切？

我在将质粒进行双酶切时，因为两个酶切位点之间的距离只有几十bp，理论上有两条带，但是那个几十bp根本看不见，另外未被酶切的环形质粒与酶切了的线性质粒大小相差几十bp，几乎无差别，电泳时几乎在同一位置，所以根本无法将酶切后的线性质粒和原来未酶切的环形质粒相分开。这可怎么办呀?不能改变酶切位点，因为酶切位点是在多克隆位点选的，多克隆位点才能进行基因克隆。

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如初.
2人参与回答
抛去江山如画
，高级研发工程师 2022-05-04回答
几十bp在胶上本身就是看不清的。你把模板量设置的小一点，模板DNA不是越多越好，还有就是最好分开切，切一次回收一次，一共回收两次。最后转化的时候再做个阴性对照。

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冰言儿〆
，设备维修 2022-05-04回答
多切一会儿理论上就可以全部切开了，实在不行酶连之后做菌P验证不就好啦

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