当做生存分析的时候，其生存时间是最后的随访时间？还是直接到死亡时间?1，如果样本的状态是“Dead”，生存分析时候用死亡时间；同样的，如果样本状态是"survival"，那就用最后随访的时间；2，患者的肿瘤状态中的turmor free表示到随访截至时间为止患者是无瘤状态；with turmor表示术后又产生了新的肿瘤。 not avivalbe说明到随访截至时间为止，该患者的肿瘤状态的临床信息未收集或不明确。查看更多
如何用R语言在microarray 数据分析中的问题?仔细读了你的问题，个人认为你这个protocol有问题，不应该从原始信号直接就去做rma，因为只有用原始信号做了芯片内标准化、背景矫正、PM／MM矫正，probe summary这些分析之后，才能去做芯片间的均一化。一般用R分析affy芯片数据的首先第一步，应该是用R的affy包直接读取CEL文件、芯片注释文件以及实验的设计方案这3个类文件。其中用expresso这个命令一次搞定到一个转录物对映一个表达值。你说的那个问题可以在summary.method 中设置其他的参数，比如"avgdiff"， "liwong"， "mas"， "medianpolish"， "playerout"等方法。当然，如果你还是不相信expresso（全世界都用这个作为默认的affy分析方法），你也可以自己分步做，然后逐个调试参数。再之后，用rma以及limma包去进行下一步分析。这里给你个线索，仔细阅读bioconductor中affy包的说明文件，特别是从如下章节开始：3.3 Expression measures1. reading in probe level data.2. background correction.3. normalization.4. probe specific background correction, e.g. subtracting M M .5. summarizing the probe set values into one expression measure and, in some cases,a standard error for this summary.并且逐个阅读summary.method中各个参数所使用的方法。 查看更多
第1天
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