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3. PCR 实验没有扩增出条带(No Band),该如何排查?
PCR 失败是常态,排查时建议由易到难:引物问题: 检查引物设计(Tm 值是否匹配、是否存在二聚体)、稀释浓度是否正确。模板问题: 模板浓度过高(产生抑制)或过低、纯度不够(残留酚/氯仿或盐离子)。退火温度(Ta): 退火温度过高导致引物无法结合,可尝试做梯度 PCR(Gradient PCR)。延伸时间: 根据目的片段大小和酶的扩增效率(如 Taq 酶通常 1 kb/min,高保真酶更长),确认延伸时间是否足够。
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逆转录(RT-PCR)时,Oligo(dT)、Random Primers 和 Gene-Specific Primers 怎么选?
在将 RNA 逆转录为 cDNA 时,引物的选择决定了 cDNA 的组成:Oligo(dT): 特异性结合真核生物 mRNA 的 Poly(A) 尾巴。适合克隆全长 cDNA,但不适合原核生物 RNA 或没有尾巴的非编码 RNA。随机引物(Random Primers): 随机结合所有 RNA。适合降解严重的 RNA、高 GC 含量区域或原核生物 RNA,但产物中会包含大量 rRNA 产物。基因特异性引物(GSP): 只逆转录特定的目的基因。特异性最高,适合定量 PCR(qPCR),但不适合后续分析其他基因。
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为什么 PCR 会跑出“非特异性条带”或“引物二聚体”?
非特异性条带: 引物与模板的非目的区域发生了部分互补结合。解决办法: 提高退火温度,或者使用热启动酶(Hot-start Taq),避免在升温前发生非特异性扩增。引物二聚体(Primer Dimer): 在凝胶最下方(通常 100 bp)出现模糊的高亮带。原因: 引物自身或正反向引物之间存在互补序列,且引物浓度过高或退火温度过低。
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为什么提取的 RNA 很容易降解?如何预防 RNase 污染?
空气、人体皮肤、枪头表面到处都充满了极度稳定的 RNase(RNA酶),它不需要金属离子辅助,且耐高温高压。防范核心:使用专用的 RNA 实验台和移液器。所有耗材必须标明“RNase-free”,玻璃制品需经过 180°C 干热灭菌 4 小时以上。全程配戴口罩与乳胶手套(频繁更换)。配制试剂使用 DEPC(焦碳酸二乙酯)处理水。
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琼脂糖凝胶电泳(Agarose Gel)中,大片段和小片段的分离如何优化?
凝胶的浓度(胶浓度)决定了网格孔径的大小:分离小片段(100 bp - 1 kb): 需要较小的孔径,使用高浓度胶(如 1.5% - 2.0%)。分离大片段(2 kb - 10 kb+): 需要较大的孔径,使用低浓度胶(如 0.7% - 1.0%),且电泳电压不宜过高(防止大片段 DNA 发生构象扭曲变形)。
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感受态细胞(Competent Cells)转化效率低,常见原因有哪些?
转化(Transformation)是将外源 DNA 导入细菌的过程:感受态细胞失活: 感受态细胞对温度极度敏感。严禁在冰上反复冻融,从 -80°C 冰箱取出后必须立即置于冰上融化,且操作时动作要轻(细胞壁很脆弱)。热激时间/温度不准: 经典的 42°C 热激 45-90 秒必须严格控时。温度过高或时间过长会导致细菌大量死亡。连接产物加入量过多: 连接缓冲液中的盐离子会抑制转化,连接产物的体积通常不应超过感受态细胞体积的 10%。
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限制性内切酶消化(酶切)时的“星号活性”(Star Activity)是什么?
星号活性是指限制性内切酶在非最优条件下,识别并切割与原特异性序列相似但不同的序列(即发生了非特异性切割)。诱发原因: 甘油浓度过高(超过 5%)、酶量过剩、pH 不适、盐浓度过低或有机溶剂污染。避免方法: 严格按照说明书的体系配制,酶的加入体积不超过总体系的 10%(酶保存液中通常含 50% 甘油)。
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为什么用 T4 DNA 连接酶做质粒连接(Ligation)时,经常切不开或者连不上?
连接反应是分子克隆的“玄学”高发地,排查核心在于末端性质和缓冲液:平末端 vs. 黏性末端: 黏性末端(Sticky Ends)有碱基互补配对辅助,连接效率高;平末端(Blunt Ends)连接效率极低,通常需要增加酶量、延长连接时间(如 16°C 过夜),或使用专门的快速连接酶。ATP 降解: T4 DNA 连接酶 Buffer 中含有 ATP,对温度敏感,反复冻融会导致 ATP 降解,导致连接完全失效。避坑指南: 收到新的连接缓冲液后,建议立即将其分装成 5-10 μL 的小份,单次使用,避免反复冻融。
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为什么质粒克隆筛选时,“双酶切”优于“单酶切”?
在构建表达载体时,强烈推荐使用两种不同的限制性内切酶进行双酶切(Double Digestion):防止载体自连: 两个切口末端不同,载体无法自行闭合,极大地降低了假阳性率。保证方向性(定向克隆): 目的片段只能以特定的方向插入载体。如果是单酶切,目的片段有一半的概率会“反向插入”,导致后续无法正常转录和表达。
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什么是质粒的“载体去磷酸化”(Dephosphorylation)?什么时候必须做?
当使用单一限制性内切酶(单酶切)或产生的两个黏性末端相同来切开载体时,载体极易发生自身环化,导致长出的克隆全是对照(假阳性)。原理: DNA 连接酶连接时,需要外源片段 5'-端的磷酸基团(?PO?3?)与载体 3'-端的羟基(?OH)缩合。操作: 用碱性磷酸酶(如 SAP 或 CIP)切除载体 5'-端的磷酸基团。这样载体自身无法连接,只有当带有 5'-磷酸的目的片段嵌入时才能完成连接。
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在做实时荧光定量 PCR(qPCR)时,SYBR Green 和 TaqMan 探针法有什么区别?
这是两种最主流的荧光定量技术:SYBR Green(染料法): 非特异性地结合到所有双链 DNA 的小沟中。只要有双链形成就发光。优点: 成本低,不需要针对每个基因设计探针,通用性好。缺点: 特异性稍差,如果引物有非特异性扩增或引物二聚体,也会被算入荧光信号(必须通过熔解曲线/Melting Curve来检查纯度)。TaqMan(探针法): 使用一条特异性结合在目的片段中间的荧光探针(带有荧光基团和淬灭基团)。当 Taq 酶延伸到此处时,利用其 5' → 3' 外切酶活性将荧光基团切下,使其远离淬灭基团而发光。优点: 特异性极高,只有目的片段被扩增时才发光,可用于多重 PCR。缺点: 成本高,合成探针周期长。
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蓝白斑筛选(Blue-White Screening)的原理是什么?它能确保克隆完全正确吗?
这是一种利用 β-半乳糖苷酶 α-互补(α-complementation) 现象的快速筛选方法。原理: 载体上带有 β-半乳糖苷酶的 α 肽段基因,宿主菌带有 ω 肽段基因。两者融合时能分解培养基中的 X-gal 产生蓝色物质(菌落变蓝)。当目的片段成功插入到载体的多克隆位点(MCS)时,破坏了 α 肽段的读码框,无法形成有活性的酶,菌落保持白色。注意: 白斑不等于 100% 正确。 如果片段插入导致移码、或者切口碱基受损导致 α 肽段失活,即使没有连入正确片段,菌落也会呈白色。最终必须通过 PCR 或测序验证。
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质粒转化后,为什么平板上长出的“卫星菌落”(Satellite Colonies)不是阳性菌?
在使用氨苄青霉素(Ampicillin, Amp)抗性平板筛选时,经常会在大菌落周围看到一圈密密麻麻的极小菌落,这就是卫星菌落。原因: 中心的大菌落带有抗性基因,会向外分泌 β-内酰胺酶(抗生素降解酶),将周围培养基中的氨苄青霉素降解掉。结果导致周围原本没有转化成功的敏感细菌也得以生长。避免方法: 不要过长时间培养平板(通常 37°C 不超过 16 小时);或者改用抗生素更稳定的抗性平板(如卡那霉素 Kanamycin,其机制是修饰抗生素而非降解,极少出现卫星菌落)。
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qPCR 中的 Ct 值(Cycle Threshold)代表什么?为什么通常要求在 15-35 之间?
Ct 值是每个反应管内的荧光信号到达设定阈值时所经历的循环数。反应本质: Ct 值与起始模板量的对数呈反比。起始模板越多,Ct 值越小。数值区间:如果 Ct 35:说明模板量极低,此时看到的荧光往往是背景噪音或引物二聚体带来的非特异性信号,数据不可信。
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为什么 DNA 电泳时通常用 TAE 或 TBE 缓冲液?它们能互相代替吗?
电泳缓冲液的作用是维持 pH 值并提供导电离子。两者各有侧重:TAE(Tris-Acetate-EDTA): 缓冲容量较小,长时间电泳后 pH 易发生漂移。但它对大片段 DNA( 12 kb)的分离效果更好,且不抑制后续的酶切或连接反应,常用于胶回收。TBE(Tris-Borate-EDTA): 缓冲容量大,不易发热,对小片段 DNA( 1 kb)的分离分辨率极高。但硼酸盐会抑制后续的连接酶活性,因此如果是为了回收做克隆,尽量避免使用 TBE。
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甘油冻存菌(Glycerol Stock)的原理是什么?为什么不能直接把细菌冻在 -80°C?
原理: 如果直接将细菌置于低热下,水结冰会形成尖锐的冰晶,直接刺破细菌的细胞膜和细胞壁导致其死亡。甘油(Glycerin)是一种保护剂,它能破坏氢键,降低水的冰点,使细胞内外的水分在冷冻时呈玻璃态凝固而非结晶,从而保护细胞结构。常规配比: 终浓度通常为 15% - 20%。一般用 50% 的高压灭菌甘油与对数生长期的菌液按 1:1 或 1:2 混合,混匀后立即速冻。
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做 Western Blot(WB)时,为什么必须经过“封闭”(Blocking)这一步?
转膜(Transfer)是将蛋白质从凝胶转移到 PVDF 膜或 NC 膜上,这些膜对蛋白质具有极强的非特异性吸附能力。原因: 如果转膜后直接加一抗、二抗(它们本身也是蛋白质),这些抗体就会沾满整张膜的空白背景,导致最后曝光时整张膜都是黑的,根本找不到目的条带。做法: 使用脱脂奶粉(5% Milk)或 BSA(牛血清白蛋白)提前把膜上所有“闲置”的蛋白质结合位点填满。这样后面加的抗体就只能特异性地结合到你的目的蛋白条带上。
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为什么 SDS-PAGE 电泳时,蛋白质电泳能按照分子量大小完美分离?
DNA 本身带负电,可以通过胶浓度直接按大小分离;但蛋白质不同,不同蛋白质的电荷、形状千差万别。原理: SDS(十二烷基硫酸钠)是一种阴离子去污剂,它能打破蛋白质的疏水键和氢键,使其解折叠并线性化。同时,SDS 会按照固定比例(每 1.4 克蛋白质结合 1 克 SDS)包裹在蛋白质表面。结果: SDS 携带的大量负电荷彻底掩盖了蛋白质原本的自身电荷。此时,所有蛋白质都变成了带负电的“线状长链”,其在电泳中的迁移速度便完全取决于分子量的大小。
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胶回收(Gel Extraction)时,为什么回收率总是特别低?
胶回收往往是克隆效率的瓶颈,以下几个细节决定了回收率:切胶过多: 尽量只切带有条带的窄胶,过多的琼脂糖会超过纯化柱的结合负荷,并导致溶胶不彻底。溶胶温度与时间: 溶胶液(通常含大吸附盐)在 50–60°C 水浴时必须确保胶块完全融化。洗脱液 pH 值: 硅胶膜在 pH 7.0 - 8.5 的弱碱性条件下洗脱效率最高。如果使用灭菌双蒸水(经常呈弱酸性)洗脱,回收率会暴跌。提效建议: 洗脱时,将洗脱缓冲液(Buffer EB)提前在 55°C 水浴加温,加入柱子后静置 2-5 分钟再离心,回收效率会大幅提升。
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PCR 实验没有扩增出条带(No Band),该如何排查?
PCR 失败是常态,排查时建议由易到难:引物问题: 检查引物设计(Tm 值是否匹配、是否存在二聚体)、稀释浓度是否正确。模板问题: 模板浓度过高(产生抑制)或过低、纯度不够(残留酚/氯仿或盐离子)。退火温度(Ta): 退火温度过高导致引物无法结合,可尝试做梯度 PCR(Gradient PCR)。延伸时间: 根据目的片段大小和酶的扩增效率(如 Taq 酶通常 1 kb/min,高保真酶更长),确认延伸时间是否足够。
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简介
职业:上海纯优生物科技有限公司 - 销售经理
学校: -
地区:上海
个人简介:
上海纯优生物科技有限公司致力于多种高纯度天然产物有效成分单体、天然药物原料/中间体、植物提取物对照品的研发,是一家集研发、销售与技术服务为一体的高新技术企业。公司专业经营生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品,并提供生命科学前沿研究技术服务,致力于打造一个专业的一站式购物和服务平台,高质高效的向国内生命科学研究人员提供一流的工具和服务。
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企业简介
企业名称:上海普优文生物科技有限公司
企业性质:商业服务,生产商,
主营业务:中药对照品,化学标准品,医药中间体,常规生化试剂,免疫学产品,实验耗材
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上海纯优生物科技有限公司致力于多种高纯度天然产物有效成分单体、天然药物原料/中间体、植物提取物对照品的研发,是一家集研发、销售与技术服务为一体的高新技术企业。公司专业经营生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品,并提供生命科学前沿研究技术服务,致力于打造一个专业的一站式购物和服务平台,高质高效的向国内生命科学研究人员提供一流的工具和服务。
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