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微生物群和微生物组有区别吗?
微生物研究领域在过去的几十年里发展迅速,已经成为一个重大的科学和公众利益的话题。然而我们对“微生物组”一词缺乏一个公认的明确定义。 从微生物到微生物群落的历史 许多技术发明推动了微生物的研究,导致我们对健康和疾病的理解发生了范式转变。 显微镜的发明,让我们得以发现一个全新的未知的微生物世界。 罗伯特·科赫(Robert Koch)对由于微生物感染而导致的人类和动物疾病起源的解释以及病原性概念的发展是微生物学的重要里程碑。 DNA的发现,测序技术,PCR和克隆技术的发展使人们能够使用与培养无关,而是基于DNA和RNA的方法研究微生物群落。 这些新的可能性彻底改变了微生物生态学,因为以高通量的方式进行基因组和宏基因组分析提供了有效的方法来解决单个微生物以及整个自然栖息地中整个群落的功能潜能。 多项综述已强调了结合多种“组学”技术分析宿主微生物相互作用的巨大潜力和巨大潜力。 微生物组定义 通常将微生物群落定义为生活在一起的微生物的集合。更具体地说,微生物群落被定义为多物种集合,其中(微生物)有机体在连续的环境中彼此相互作用。 微生物组的首次定义 1988年,Whipps及其同事研究了根际微生物的生态学,首次定义了微生物组。他们将“微生物组”描述为“微生物”和“生物组”的组合,并在“具有明确的理化特性的合理定义的栖息地”中将“特征微生物群落”命名为“活动剧场”。 该定义代表了微生物群落定义的实质性进步,因为它定义了具有不同特性和功能的微生物群落及其与环境的相互作用,从而形成了特定的生态位。 微生物组的常用定义 但是,在过去的几十年中,还发布了许多其他的微生物组定义。当前最常引用的定义是Lederberg将生态环境中的微生物群落描述为生物体空间或其他环境中的共栖,共生和致病微生物群落。 Marchesi和Ravel集中在对特定环境下的基因组、微生物(和病毒)基因表达模式和蛋白质组以及生物和非生物条件的定义。所有这些定义暗示着宏观生态学的一般概念可以很容易地应用于微生物-微生物以及微生物与宿主的相互作用。 然而,这些为大型真核生物开发的概念在多大程度上可应用于原核生物,这些原核生物具有不同的生活方式,如休眠,表型变异和水平基因转移以及目前尚不清楚的微型真核生物。这就提出了一个挑战,即要考虑一种全新的微生物组生态学概念生态模型和理论体系,特别是在微生物相互之间以及与宿主生物和非生物环境相互作用的不同层次上。 许多当前的定义未能捕捉到这种复杂性,并且将术语“微生物组”描述为仅涵盖微生物的基因组。 例如,Merriam Webster发布平台提出了两种微生物组定义:一种描述宏基因组,另一种是微生物群落,但仍然无法将宿主和环境作为微生物组的整体生态成分而不是一个独立的实体来捕获。 微生物组成员 微生物群包括形成微生物组的所有活的成员。 下表解释了这两个词源的词源学和差异。细菌,古细菌,真菌,藻类和小的原生生物应被视为微生物组的成员。大多数微生物组研究人员都同意这一定义。 噬菌体,病毒,质粒和移动遗传元件的整合是微生物组定义中最具争议的问题之一。 参与者在“微生物组定义”在线调查中的评论也证实了这一点。 受访者对病毒和噬菌体是否应属于微生物组这一问题的回答没有给出明确的答案,并且从“无论如何”延伸到“绝对没有”。 关于来源于死细胞的细胞外DNA(所谓的“遗留DNA”)是否属于微生物组还没有明确的共识。在更广泛的生境分析中,残留DNA最多可占土壤中测序DNA的40%,平均占细菌总DNA的33%,在某些样品中最高比例为80%。 有意思的是,尽管它非常丰富且无处不在,但遗留DNA对分类学和系统发育多样性的估计影响很小。 当使用特定术语时,微生物组和微生物群之间的清晰区分有助于避免有关微生物组成员的争议(下图)。微生物群通常被定义为存在于特定环境中的活微生物的集合。由于噬菌体,病毒,质粒,病毒,类病毒和游离DNA通常不被视为活微生物,因此它们不属于微生物群。
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生物医药
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各种疫苗的抗体,能维持多久? ?
随着新冠疫情的持续,越来越多的人意识到疫苗的重要性。目前,多个国家都在积极研发新冠疫苗,并将其作为控制疫情、防止其扩散和反弹的“终极杀器”。 为什么要接种疫苗?有的人会说,疫苗可以产生抗体,抵御疾病。 那么,什么是抗体呢? 抗体就是我们每个人身体里的“小士兵”,是保护身体、消灭各种病原体的“好东西”。 抗体可以通过 自然感染疾病痊愈后和 接种疫苗来获得,但两种途径获得的抗体水平、持久性因不同病原体而不同。今天我们来看看,接种各种疫苗后,产生的保护性抗体可以持续多久呢? 接种疫苗后抗体的持续时间 乙肝疫苗 约95%的儿童接种乙肝疫苗后会免疫成功,有抗体应答者(抗-HBs≥10mIU/ml)的保护效果一般至少可持续30年。一般人群不需要进行抗体检测或加强免疫。 卡介苗 可达15-20年。国外部分研究发现可达50-60年。 甲肝疫苗 接种2剂甲肝灭活疫苗,模型预测抗体可持续30年甚至40年以上。 麻疹疫苗 在免疫成功的前提下,至少能够维持26~33年。我国研究表明,接种麻疹疫苗25年后,85%以上者仍有保护性抗体。 脊髓灰质炎疫苗 全程接种后,循环抗体可存在数十年甚至终生。但不同国家结论不同。 乙脑疫苗 部分亚洲国家研究显示,可产生至少11年的长期保护。 破伤风疫苗 接种4剂百白破疫苗可提供3-5年保护。6周岁加强后可以持续至育龄期(约25-30岁)。成年后每加强1剂可维持约10年。 水痘疫苗 研究显示,接种2剂水痘疫苗的7-10年后仍有抗体。但只接种1剂则仍会发病。 带状疱疹疫苗 上市时间较短,数据有限。目前认为接种后5年内的效果较好。 流感嗜血杆菌(Hib)疫苗 现有数据表明可持续5-10年。 五价轮状病毒疫苗 现有数据表面全程接种后3-7年依然可以有效保护。 13价肺炎结合疫苗 目前数据有限。目前认为婴幼儿接种后保护效果可持续2-6年不等。根据使用经验及持久性资料看,可能会geng长。 23价肺炎多糖疫苗 一般可维持5年以上。具有肺炎球菌高感染风险者(如患慢性疾病、免疫缺陷、肿瘤等)的老年人可能在5年后加强接种1剂。 流感疫苗 接种灭活流感疫苗可有效保护6至8个月。1年后抗体水平显著降低,但部分毒株可持续geng久。 HPV(宫颈癌)疫苗 二价和四价HPV疫苗接种后12年、九价HPV疫苗接种后至少7年,疫苗相关型别的抗体阳性率仍>90%,且未发现相关癌前病变。模型预测可维持20-50年。 EV71(手足口病)疫苗 现有数据表明可持续至少5年。6岁以上儿童感染风险低。 狂犬病 虽然目前认为全程接种狂犬病疫苗后,抗体可以持续至少1年(部分研究发现接种9年后,80%的受种者依然可以查到抗体)。但鉴于狂犬病的致死率,再次受伤(II级暴露及以上)需要加强接种。 非“上限”,也非“下限” 特别提醒,上面各个数字是动态的,是因人而异的,受 接种年龄、疾病和健康状况、生活习惯等多方面因素影响,需要通过长期的、持续的、科学的 人群抗体水平监测研究来获得。即不代表该疫苗产生的抗体 “只能”维持这么久,也不表示每个人“都能”维持这么久。 没有抗体,不等于没有保护 目前还没有一种疫苗可以做到“接种了就肯定有抗体”。部分个体就算反复接种、频繁接种,也未必能达到100%的保护。 不过,即便接种疫苗后未产生足够抗体,或者产生过抗体但转为阴性,也并不意味着没有免疫力。 人体的免疫机制是多元的,主要有细胞免疫(A)和体液免疫(B)两部分。抗体检测仅能反映B,不能反映A。因此 并不是检测不到抗体就没有保护。此外,人体免疫系统也有免疫记忆,当再次接触到同一种病原体时,可以快速产生强大的免疫力。 如果绝大多数人接种了疫苗,即便少数人没有接种疫苗或者免疫失败,只要身处于有免疫力的人群中,也不容易感染生病——从而预防、控制甚至消灭某种传染病。 这才是真正的群体免疫(Herd Immunity),这才是疫苗的真正作用!
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工艺技术
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什么是中和抗体?
“中和”"抗体”(Nautralizing Antibody)应该分两部分理解。首先是抗体,在这个层面上和普通抗体的概念重合,是机体免疫细胞被抗原激活后,由B淋巴细胞分化的浆细胞分泌的,能与相应抗原特异性结合的免疫球蛋白。除此之外,中和抗体显然还应该有专门针对“中和”的更进一层的含义,这里的中和是指该抗体能和病毒结合,进而阻断病毒感染。 “中和抗体”如何阻断病毒感染 主要通过三种方式来实现: 阻断病毒与细胞表面受体的结合; 阻断病毒侵入细胞; 阻断病毒在细胞内脱衣壳。 目前对于这种阻断的机制还不明确,但主流观点认为是中和抗体与病毒结合导致的空间位阻效应阻断了感染。 “中和抗体滴度”是衡量抗体有效性的一个重要指标 我们知道抗体通常会使用ELISA试剂盒来进行效价评估,那中和抗体也是通过ELISA来检测么? 通常中和抗体是使用中和试验来评估其中和病毒的效力的。 “中和抗体滴度”评估方法 中和试验是指在体外适当的条件下,将病毒和中和抗体进行混合孵育,使他们发生反应,然后将二者的混合物接种到敏感的宿主体内(包括动物、鸡胚、细胞等),测定残存的病毒的感染力的方法。
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材料科学
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如何避免ELISA实验中基质效应?
在ELISA实验中,偶尔会遇到样品浓度挨近试剂盒的灵敏度就容易发生样本OD450值低于空白值的现象,特别是在血清和血浆样本中。这就有可能是基质效应导致的结果。 什么是基质效应呢? 首先我们要知道什么是基质,基质是指样品中目标分析物以外的部分。由于基质成分会对分析过程有显著干扰,影响分析结果的准确性。业内把这些影响统称为基质效应。这是ELISA试剂盒开发和使用中需要避开的雷。 如何判断是否是基质效应呢? 当单个样本或少量样本值低于空白值时,可能是实验操作出现问题,这时应增加重复,进步操作技术。当许多样本都低于空白值时,应思考基质效应的影响,建立校正曲线予以修改。基质效应的原因错综复杂,有可能是样品中存在的基质导致原抗体的联络结合能力下降,便产生了样本值低于空白值的现象。导致样本值无法计算出数值,或许数值为负。 虽然原因复杂,但有方法可以用来评估基质效应。 第一种方法是采用线性稀释,一般来讲,抗原和捕获抗体、检测抗体之间的结合作用很强,样品浓度被稀释并不影响它们的结合,而造成基质效应的非特异结合的力要弱很多,如果不断稀释样品,非特异结合造成的干扰会逐步减少,测量值也更接近真实值。没有基质效应时,无论如何稀释,测量值都和真实值吻合。而有基质效应时,稀释会造成非特异性结合比例的减少,测量值也相应地产生很大改变。 第二种方法是掺入回收率实验,将低、中和高浓度的分析物掺入到已测定过浓度的样本中,掺入前后实测到的浓度增加部分与掺入浓度之比就是回收率,回收率以百分比的形式呈现。回收率介于80-120%,才符合标准。 那我们如何避免ELISA实验中基质效应? 基质效应可以通过产品研发阶段的优化尽可能去消除的。古朵生物针对ELISA产品研发进行了多种优化。ELISA试剂盒在开发进程中,标准品不选用人或动物血清、血浆作为标准曲线的稀释液,只能选用其仿照物。我们量身定制的缓冲液系统,这些优化后的缓冲液体系能很好消除基质效应。还有当检测某个分析物时,其他相关因子或类似结构因子如果有非特异性结合,也会导致基质效应,我们也因此做了大量的交叉反应,确保没有明显的交叉反应和干扰。而且我们试剂盒必须通过严格的基质效应测试,全部包括线性稀释和掺入回收率实验,并把测试结果记录在说明书中。
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细胞裂解提取蛋白的步骤?!?
在实验过程中,我们常常需要证明实验组相对于对照组某些蛋白质是多了还是少了,那么我们就需要先把细胞或组织中的蛋白质提取出来进行测量,今天就给大家介绍一下细胞与组织蛋白质提取的基本知识和步骤。 蛋白样品制备的原则: 1.尽可能采用简单方法,以避免蛋白丢失; 2.细胞和组织样品的制备应尽可能减少蛋白质的降解,低温和蛋白酶抑制剂可防止蛋白质的降解; 3.样品裂解液应新鲜制备,并分装存于-80℃,勿反复冻融已制备好的样品; 4.通过超速离心清除其余杂质。 一般的理解方法分为温和的裂解方法和剧烈的蛋白裂解方法。 温和的裂解方法 用于组成比较简单的样品,或分析某一特定的细胞器。 (1)渗透裂解:血细胞、组织培养细胞 (2)冻融裂解:细菌、组织培养细胞;液氮冻融 (3)去污剂裂解:用去污剂溶解细胞膜、裂解细胞,释放内容物;用于组织细胞 (4)酶裂解细胞:植物、细菌和真菌等含有细胞壁的细胞 剧烈的蛋白裂解方法 常用于难于破碎的细胞,如固体组织内的细胞,或具有坚硬细胞壁的细胞,如酵母细胞。 (1)超声波裂解法:细胞样品 (2)弗氏压碎器:高压下迫使细胞穿过小孔径而产生剪切力,从而裂解细胞;常用于含有细胞壁的微生物、藻类 (3)研磨法:常用于固体组织、微生物;冻存于液氮中,随后研磨成粉末 (4)机械匀浆法: (5)玻璃珠匀浆法:利用剧烈振荡的玻璃珠打破细胞壁;用于细胞悬液或微生物 那么蛋白提取的步骤来了: 所需器材:低温高速离心机,匀浆搅拌器,超声仪,真空泵,细胞挂勺等。 所需试剂:RIPA裂解液,蛋白酶抑制剂(PMSF),无菌PBS等。 蛋白样品提取 1、细胞蛋白的提取: 1.根据实验需要取出需要提取的细胞培养板,置于冰上,用吸引器吸除上清液。PS:所有操作均应在在冰上进行。 2.每孔细胞(六孔板)中加入 1-2ml 4℃预冷的PBS溶液。平放轻轻摇动十秒钟清洗细胞,然后吸除洗液,共清洗洗细胞三次(目的是去除剩余的上清液),最后一次不吸除上清液。 3. 用刮勺将细胞轻轻刮下,接着用移液器将细胞和上清液转移至1.5ml离心管中,置入4度离心机(提前开离心机预冷),离心1.5min,弃去上清液。 4.配置裂解液(所用裂解液为RIPA裂解液,可以使蛋白得到充分释放),每 1ml 裂解液加 10 μl PMSF(100mM),摇匀置于冰上。(PMSF 要摇匀至无结晶时才可与裂解液混合)。PS:PMSF属于蛋白酶抑制剂,可以减少蛋白质的讲解,另外的蛋白酶抑制剂还可以用cocktail,NaF,NaN3等,也可以同时加入多种蛋白酶抑制剂。 5.将配置好的裂解液加入第3步获得的细胞沉淀中,一般5*10^6个细胞加入100ul的裂解液,然后吹打重悬,使细胞充分裂解。 6.用超声仪进一步裂解细胞:将细胞放置于冰上进行超声,一般功率选择为15%左右,裂解时间为1分钟(超声2s,休息4s),当超声一次后,离心管仍比较浑浊,可以间隔几分钟再次超声。 7.超声结束后,将细胞于4度离心机,12000rpm离心 25min。 8.将离心后的上清分装转移至1.5ml 离心管,保存于-80℃备用。 2、组织中总蛋白的提取: 1.将少量组织块置于 1.5ml离心管中,加入500ul含PMSF的强RIPA裂解液,先用干净的剪刀将组织块尽量剪碎,当组织较软时(如脑组织),接着用1ml枪头不断地吹打吸取,然后用匀浆器进一步打碎组织,最后用超声仪进行超声裂解;当组织较韧时(如肌肉组织),可以直接用匀浆器打碎组织,最后用超声仪进行超声裂解。(裂解组织就是通过不同的方法让组织块不断变小)。 2.同上方法,将离心管置入 4度离心机,12000rpm离心25min,取上清分装于1.5ml离心管中并置于-80℃保存。
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分析中的标准品和对照品有什么不同?
标准品、对照品定义 中国药典凡例中已有明确的定义: 对照品系指用于鉴别、检查、含量测定和校正检定仪器性能的标准物质。 标准品系指用于生物检定、抗生素或生物药品中含量或效价测定的标准物质,以效价单位(U)表示。
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微生物检测斜面如何接种?
一、斜面接种 (1)在肉膏蛋白胨斜面试管上,用记号笔写上将接种的菌名、日期和接种者。 (2)点燃酒精灯或煤气灯。 (3)将菌种试管和待接种的斜面试管,用大拇指和食指、中指、无名指握在左手中,并将中指夹在两试管之间,使斜面向上,成水平状态。在火焰边用右手松动试管塞,以利于接种时拔出。 (4)右手拿接种环通过火焰烧灼灭菌(参照实验一),在火焰边用右手的手掌边缘和小指,小指和无名指分别夹持棉塞(或试管帽),将其取出,并迅速烧灼管口。 (5)将灭菌的接种环伸入菌种试管内,先将环接触试管内壁或未长菌的培养基,达到冷却的目的,然后再挑取少许菌苔。将接种环退出菌种试管,迅速伸入待接种的斜面试管,用环在斜面上自试管底部向上端轻轻地划直线,勿将培养基划破,也不要使环接触管壁或管口。 (6)接种环退出斜面试管,再用火焰烧管口,并在火焰边将试管塞塞上。将接种环逐渐接近火焰,再烧灼。如果接种环上沾的菌体较多时,应先将环在火焰边烤干,然后烧灼,以免未烧死的菌种飞溅出污染环境,接种病原菌时更要注意此点。 二、液体培养基接种 向肉膏蛋白胨液体培养基中接种少量菌体时,其操作步骤基本与斜面接种时相同,不同之处是挑取菌体的接种环放入液体培养基后,应在液体表面处的管内壁上轻轻磨擦,使菌体从环上脱落,混进液体培养基,塞好试管塞后,摇动液体,使菌体在液体中分布均匀,或用试管振荡器混匀。 向液体培养基中接种量大或要求定量接种时,可将无菌水或液体培养基注入菌种试管,用接种环将菌苔刮下,再将菌种悬液以无菌吸管定量吸出加入,或直接倒入液体培养基。如果菌种为液体培养物,则可用无菌吸管定量吸出加入或直接倒入液体培养基。整个接种过程都要求无菌操作。 三、穿刺接种 用接种针挑取菌种(针必须挺直),自培养基的中心垂直地刺入半固体培养基中,直至接近管底,但不要穿透,然后沿原穿刺线将针拔出,塞上试管塞,烧灼接种针。 上述几种接种法的无菌操作,凡未叙述的均按实验一操作。试验者应反复练习无菌操作接种技术,直至较熟练地掌握。 四、将已接种的斜面、液体和半固体培养基放置28—30℃温箱,培养2—3天后取出观察结果,(不同微生物培养温度不同)。
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你知道血清与细胞培养的关系吗?
血清被广泛应用于细胞培养达几十年之久。动物血清主要包括胎牛血清、小牛血清、成牛血清、马血清、羊血清、鸡血清、兔血清等,其中以胎牛血清的使用最为普遍。 动物血清在细胞培养中提供细胞增殖所需的生长因子、激素、转移蛋白、贴壁和铺展在培养基质上的因子、蛋白酶抑制剂和其他营养物质。使用血清的优点是血清含有促进细胞增殖和维持的大部分因子,它几乎是通用的生长添加物,适用于动物、人和昆虫细胞等的细胞培养。因而使用血清不需要为每一个细胞系优化培养基,节省了大量时间和精力。 牛血清是细胞培养中用量最大的天然培养基,含有丰富的细胞生长必须的营养成份,具有极为重要的功能。 1.提供对维持细胞指数生长的激素,基础培养基中没有或量很少的营养物,以及主要的低分子营养物。 2.提供结合蛋白,能识别维生素、脂类、金属和其他激素等,能结合或调变它们所结合的物质活力。 3.有些情况下结合蛋白质能与有毒金属和热原质结合,起到解毒作用。 4.是细胞贴壁、铺展在塑料培养基质上所需因子来源。 5.起酸碱度缓冲液作用。 6.提供蛋白酶抑制剂,使在细胞传代时使剩余胰蛋白酶失活,保护细胞不受伤害。 胎牛血清是高品质的,因为胎牛还未接触外界,血清中所含的抗体、补体等对细胞有害的成分最少。既然血清在细胞培养中的作用如此重要,那么实验人在选择过程中一定要选择优质的牛血清哦。
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养好细胞的前提,如何选择好的血清?
对于细胞培养而言,血清的重要性显而易见。它含有包括生长因子在内的蛋白、氨基酸、脂类、碳水化合物、维生素及其他成份,可以促进贴壁或悬浮细胞的生长和维持。 胎牛血清(FBS)是细胞培养最常用的血清。 随着全球生物学研究的迅猛发展,对血清的需求也越来越多,加上进口运输成本增加等等各种原因,进口血清的价格在国内也是悄悄地蹭蹭地,站到了「不菲」的价位。 由于进口血清价格昂贵,购买渠道不明朗,市场上以次充好,假冒问题等日益放大,所以研究人员所关注的因素有以下几点: 1、 血清供应连续性 2、 血清批次一致性 3、 实验数据的稳定性 4、 价格是否有波动 5、 产品的完整性 注意: 在水浴过程中,血清的平面要完全浸在水中。在融化过程中要慢慢摇动,使血清混匀,但不要产生泡沫! 与 4 ℃ 过夜法相比,三步法为什么对血清更好呢?重点有二! 其一:关系到沉淀出现的几率! 记得吗?血清在融化过程中,瓶子里冰块的底部你会看见亮亮的蛋白丝在下沉,如同蜂蜜溶于水时的亮线,这就是血清中大量的蛋白在快速融化,而水的熔点高于蛋白,融化的速度是比蛋白慢的。(回想一下高级冰淇淋和大棒冰的区别,你懂得!)试想,如果采用 4 ℃ 过夜的方法,1 瓶 500 毫升的血清融化好,大约需要 10 小时左右,蛋白先融化,沉降在瓶子的底部,水融化的速度比蛋白慢,于是造成大量蛋白溶于少量的水,此时就很容易有一些蛋白饱和析出,(大多是脂蛋白和纤连蛋白),这就是血清融化中产生沉淀的重要原因之一。 采用三步法,只要 2.5 个小时,温和有效地加快了水融化的速度,另一方面,融化过程中可以间断轻轻摇摆瓶子,让蛋白在瓶中混匀。此方法不但节约了时间,而且最大限度减少了血清沉淀出现的几率。 血清融化过程中,蛋白质会比水先融化。冰块底部亮亮的细丝就是融化中的蛋白。 其二:血清在培养细胞中,最重要的是利用它的活性的因子,因此,融化过程中最大限度地保留因子的活性,就变得非常重要。回忆一下,细胞复苏时,要保持细胞的活性,我们是要遵循「快融」原则还是「慢融」原则呢?快融!血清同样如此!三步法需要两个半小时,4 ℃ 过夜需要大约 10 个小时(冰箱一般设 2-8 ℃,所以各实验室融化时间会稍有出入)。哪个速度对保留活性更好?不言而喻! 养细胞不易,选对好血清,更是养好细胞的头等大事,希望以上信息对你有所帮助。
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核桃对炎症和神经变性的保护作用?
发表在《营养研究》杂志上的一项研究发现,核桃含有调节小胶质细胞活化的生物活性化合物。这表明核桃可能有助于抵抗炎症和神经变性。 塔夫茨大学的研究人员推测,整个核桃提取物可通过钙离子调节钙调蛋白的表达来抑制脂多糖(LPS)诱导的小胶质细胞活化。 他们通过用不同浓度的全核桃提取物处理大鼠小胶质细胞系来检验其假设。 结果表明,用全核桃提取物处理可导致细胞内钙以剂量和时间依赖性缓慢增加。 当细胞用氯化钾去极化时,这种增加被放大。 无论浓度如何,用全核桃提取物处理也可增加细胞内钙调蛋白的水平。 用thapsigargin(一种哺乳动物细胞中的肿瘤启动子)进行的预处理可以阻止整个核桃提取物诱导的钙调蛋白上调。 此外,在LPS处理前一小时用全核桃提取物进行处理可以有效地防止LPS诱导的诱导型一氧化氮合酶表达上调,离子钙离子结合衔接子1的上调和钙调蛋白的下调。 这些发现表明核桃中的生物活性化合物可通过调节细胞内钙和CaM的表达来调节小胶质细胞的活化。 总之,研究人员建议核桃可用于减少慢性炎症并预防神经退行性变。
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湿疹儿童易患哮喘和食物过敏?基因变异解释背后的关联?
特应性皮炎(AD,也称为湿疹)是一种常见的慢性炎症性皮肤病。由于患者往往合并其他特异性疾病,比如过敏性鼻炎和哮喘,故被认为是一种系统性疾病。在发达国家,大约10-20%的儿童患有特应性皮炎,我国的AD患病率低于发达国家,不过近十年来增长迅速。 近期的一项研究发现,KIF3A基因中的两个常见变异增加了年幼儿童患特异性皮炎的风险。反过来,这可能使环境因素更容易穿过皮肤屏障,随着儿童长大而发展成食物过敏和哮喘。 这项研究由美国辛辛那提儿童医院医学中心的研究人员领导,于8月14日发表在《Nature Communications》杂志上。它为特应性皮炎的分子机制研究带来了新的思路,有望确定哪些湿疹儿童更容易发展成其他过敏性疾病。 之前的研究表明,纤毛结构基因 – 驱动蛋白家族3A(KIF3A)中的遗传变异与特异性皮炎、哮喘等疾病相关。KIF3A编码纤毛组分kinesin-2的一个亚基,是形成初级纤毛所必需的。尽管人们已经重复了这种遗传关联,但对其中的潜在机制还不了解。 疾病相关的KIF3A SNP 研究人员发现,在与特异性皮炎相关的KIF3A SNP中,大约三分之一产生了新的CpG位点。因此,遗传变异与DNA甲基化和CpG位点高度相关。他们将单核苷酸多态性与表观遗传学和基因调控联系起来。 在这项研究中,研究人员整合了人类和小鼠研究,以解析KIF3A中两种常见的SNP(rs11740584和rs2299007)增加特异性皮炎风险的机制。他们发现,rs11740584和rs2299007风险等位基因会创建新的CpG位点,推测它们可能通过改变甲基化水平来调节KIF3A的表达。 之后,他们招募了携带1个或2个替代等位基因的个体,以及年龄和性别匹配的对照。他们测定了皮肤和鼻粘膜上皮细胞的甲基化水平,发现对照个体的甲基化水平非常低,但携带1个或2个替代等位基因的个体存在不同程度的甲基化。同时,利用等位基因特异性qPCR,他们发现替代等位基因导致KIF3A的表达下调17-19%。 皮肤屏障功能受到破坏 研究人员假设,KIF3A的表观遗传学变化可能与个体的皮肤屏障功能破坏有关。为了解决这个问题,他们评估了反映皮肤屏障功能的经皮水分流失(TEWL)。他们发现,rs11740584和rs2299007位点的甲基化水平与皮肤屏障功能异常有着密切的关联。 为了直接证明Kif3a表达下降导致皮肤屏障功能异常,他们生成了Kif3aK14?/?小鼠,其表皮缺乏Kif3a的表达。与Kif3a+/+对照小鼠相比,Kif3aK14?/?小鼠有着更高的经皮水分流失,表明皮肤屏障受到破坏。同时,他们还观察到Kif3aK14?/?小鼠皮肤厚度增加,这可能是早期细胞增殖的结果。 研究人员接下来对表皮进行转录组分析,以便深入了解小鼠中观察到的表型。他们对8周大的Kif3a+/+和Kif3aK14?/?小鼠表皮进行RNA测序,发现基底细胞标志物角蛋白5(keratin 5)上调,而粘附连接和紧密连接标志物E-cadherin和claudin-1失调。这些数据支持了Kif3a在皮肤稳态中的作用,Kif3a的缺失导致基底细胞层过度增殖,以及粘附和紧密连接蛋白的定位发生改变,这也许导致经皮水分流失增加。 最后,研究人员利用烟曲霉菌(Aspergillus fumigatus)的皮肤暴露来模拟特应性皮炎。与Kif3a+/+对照小鼠相比,Kif3aK14?/?小鼠在暴露于烟曲霉过敏原后经皮水分流失增加,表皮厚度也明显增加。因此,Kif3aK14?/?小鼠的皮肤屏障受到破坏,在暴露于过敏原后更容易发展成特应性皮炎的特征。 研究人员之前就发现,肺部组织中的KIF3A功能异常会导致哮喘。同样,肠道组织中KIF3A功能异常会增加食物过敏的风险。如今,这项研究将这两种过敏风险与受损的皮肤屏障相关联,有助于人们更好地了解皮肤、肠道和肺部健康之间的关系。
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微生物培养为何这么难呢?
随着测序等技术的发展,人们对微生物多样性的认识也越来越全面,并发现有很多环境中存在的微生物并不能在固体培养基上生长。长期以来,研究人员一直试图找出限制微生物生长的因素,希望从环境样品中尽可能多的分离培养高多样性以及新微生物物种。目前比较广泛应用的方法包括:微生物的原位培养,微流控技术,以及配制不同营养成分的培养基以更好地让微生物们在培养基上生长等。但是在实践中,研究者发现总的微生物数量和可培养的微生物之间经常存在着差异,一般我们把这种现象叫“平板计数异常”。有研究者估计只有1%的土壤细菌才能被培养,并且我们还需要准备成百上千种不同的培养基,来应对不同微生物的生长需求。 为什么大多数的微生物如此难培养呢? 部分微生物生长缓慢 在培养基上不形成克隆 它们需要一些未知的养分或者生长因子 依赖其它微生物或者宿主细胞共生 产生对自身作用的毒素 部分微生物是寡营养类型,高营养会致死 它们在休眠期 它们需要持续供给生长底物 但即使这样,依靠稀释涂平板方法获得微生物类群种类还是比较低,为什么许多微生物不在琼脂培养基上生长呢? 培养基制备要求: 培养基制备的质量将直接影响微生物生长。因为各种微生物对其营养要求不完全相同,培养目的的不同,各种培养基制备要求如下: 1、根据培养基配方的成分按量称取,然后溶于蒸馏水中,在使用前对应用的试剂药品应进行质量检验。 2、PH 测定及调节:PH测定要在培养基冷至室温时进行,因在热或冷的情况下,其PH有一定差异,当测定好时,按计算量加入碱或酸混匀后,应再测试一次。培养基 PH值一定要准确,否则会影响微生物的生长或影响结果的观察。但需注意因高压灭菌可影响一些培养基的 PH 降低或升高,故不宜灭菌压力过高或次数太多,以免影响培养基的质量,指示剂、去氧胆酸钠、琼脂等一般在调完PH后再加入。 3、培养基需保持澄清,便于观察细菌的生长情况,培养基加热煮沸后,可用脱脂棉 花或绒布过滤,以除去沉淀物,必要时可用鸡蛋白澄清处理,所用琼脂条要预先洗净晾干后使用,避免因琼脂含杂质而影响透明度。 4、盛装培养基不宜用铁、铜等容器,使用洗净的中性硬质玻璃容器为好。 5、培养基的灭菌既要达到完全灭菌目的,又要注意不因加热而降低其营养价值,一般121℃15min即可,如为含有不耐高热物质的培养基如糖类、血清、明胶等,则应采用低温灭菌或间歇法灭菌,一些不能加热的试剂如亚碲酸钾、卵黄、TTC、抗菌素等,待基础琼脂高压灭菌后凉至50℃左右再加入。 6、每批培养基制备好后,应做无菌生长试验及所检菌株生长试验。如果是生化培养 基,使用标准菌株接种培养,观察生化反应结果,应呈正常反应,培养基不应贮存过久,必要时可置4℃冰箱存放。 7、目前各种干燥培养基较多,每批需用标准菌株进行生长试验或生化反应观察,各种培养基用相应菌株生长试验良好后方可应用,新购进的或存放过久的干燥培养基,在配制时也应测PH,使用时需根据产品说明书用量和方法进行。 8、每批制备的培养基所用化学试剂、灭菌情况及菌株生长试验结果、制作人员等应做好记录,以备查询。
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生物医药
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牛血清白蛋白的作用及常见问题?
牛血清白蛋白是牛血清中的一种球蛋白,又称第五组分。血液中的白蛋白主要起维持渗透压作用、PH缓冲作用、载体作用和营养作用。在动物细胞无血清培养中,添加白蛋白可起到生物和机械保护作用和载体作用。 牛血清白蛋白的作用 牛血清白蛋白一般做为稳定剂被用于限制酶或者修饰酶的保存溶液和反应液中,因为有些酶在低浓度下不稳定或活性低。加入牛血清白蛋白后,它可能起到保护或载体作用,不少酶类添加牛血清白蛋白后能使其活性大幅度提高。对多数底物牛血清白蛋白而言,牛血清白蛋白可以使酶切更完全,并可实现重复切割。在37℃,酶切反应超过1h时,牛血清白蛋白可以使酶更加稳定,因为在不含牛血清白蛋白的反应缓冲液中,许多限制性内切酶在37℃下只能存活10"20min甚至更短的时间。而BSA可以结合缓冲液或底物DNA中抑制限制性内切酶活性的金属离子和其它化学物质。 牛血清白蛋白,英文名称为Bovine Serum Albumin,也称Bovine albumin,或Cohn Fraction V,简称BSA。BSA有着极其广泛的实验室应用,在免疫实验中常用作封闭剂,包括ELISA、WB(Western Blot)。作为载体蛋白,将其交联于半抗原和其他弱抗原可以使它们在抗体生产中具有更强的免疫原性。在限制性内切酶消化反应中,BSA常常被用作一些酶的反应稳定剂,并且能防止它粘附到管壁和枪头上。BSA也常用于生物制药的生产过程或者作为营养物用于细胞和微生物培养。除此之外,还作为蛋白定量检测的标准品使用。我们提供的BSA产品,使用优质牛血浆,利用热休克法(Heat Shock)法制备而成。 牛血清白蛋白的成分 血清组成成分虽大部分已为人所知,但还有部分不清楚。在牛血清白蛋白中我们已知的成分大概有以下几种。 1、蛋白质:是牛血清中主要成份。除包括可携带金属离子、脂肪酸和自身是激素类蛋白外主要还有白蛋白,球蛋白。纤维粘连素细胞促进细胞附着;α2巨球蛋白抑制胰蛋白酶的作用;胎牛血清中含胎球蛋白促细胞附着;转铁蛋白能结合铁离子,减少其毒性和被细胞利用。 2、多肽:血小板促生长因子能促细胞分裂,是多肽家庭的主要成员之一,是主要的促细胞增殖因子;成纤维细胞生长因子、表皮细胞生长因子、神经细胞生长因子等,血清中含量虽很少,但对细胞生长也有一定作用。 3、激素:胰岛素:促进细胞摄取葡萄糖和氨基酸,与促细胞分裂有关。类胰岛素生长因子:能与细胞表达的胰岛素受体结合,从而有胰岛素同样的作用。促生长激素:促细胞增殖效应。 4、其他成份:氨基酸、葡萄糖、酮酸等对多种营养成分的合成培养基意义不大。与蛋白相结合状态的微量元素对细胞培养有意义。 关于牛血清白蛋白的常见问题 1、标准牛血清白蛋白在应用时浓度要适宜,不可太高。牛血清白蛋白组分V 最-好 现配现用,已经配好的溶液即使是-20度保存一段时间后也会造成你的结果偏高。 2、牛血清白蛋白由热容易凝固,当加热到50°C或以上时,白蛋白相当迅速形成疏水性聚集体,不恢复到冷却后的单体,在某种程度上低温聚合预计也将会发生的,但是在相对较低的利率。 3、天然牛血清白蛋白(BSA)的等电点为4.6~5.8,经无水乙二胺(EDA)和碳化二亚胺(EDC)反应,改性后的牛血清白蛋白等电点为8.6。
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如何让单细胞测序变得如此简单?
单细胞生物学研究一直是当今的热门话题,而且最前沿的领域就是单细胞RNA测序了(scRNA-seq)。常规RNA测序方法一次性能够对成千上万个细胞进行加工测序,并给出平均差异,但并没有两个细胞是完全一样的,而新型的scRNA-seq方法就能够揭示出制造每一种特异性的微小改变,甚至这种技术还能够阐明完整的新的细胞类型。 比如,当来自博德研究所的研究人员Aviv Regev等人利用scRNA-seq对2400个免疫系统细胞进行探查时,他们无意中发现了一些具有潜在T细胞激活活性的树突状细胞,Regev表示,一种刺激这些细胞的疫苗或能够潜在增强机体免疫系统并且保护机体抵御癌症。当然了,这些发现都是来之不易的,相比大量细胞而言,研究人员很难对单个细胞进行操作,因为每一种细胞仅会产生少量的RNA,对于研究者而言没有犯错的余地;另外一个问题就是如何对大量的数据进行分析,最重要的是,研究者使用的工具可能是并不直观的。 一般而言,RNA测序数据能够被以指令的形式输入到Unix操作系统中进行分析,数据文件会从一个软件包传输到另外一个,在这个过程中,每个工具都要对每一个步骤进行处理,比如基因组比对、质量控制、识别突变体等等。这个过程是非常复杂的,但对于大量的RNA-seq而言,研究人员可以利用算法对每一个步骤进行处理,而且他们也非常清楚每个过程的运行状况。 如今网上有很多在线资源和工具能够简化scRNA-seq数据分析的过程,其中名为GitHub的平台(Awesome Single Cell)就整合了70多种工具和资源,而且相关的工具和资源能够覆盖分析过程的每一步。 定制技术 在2016年发表的一篇研究报告中,来自夏威夷大学的生物信息学家Lana Garmire就列出了他们进行scRNA-seq数据分析的基本步骤,尽管每一个实验都具有特殊性,但很多分析流程都是按照相同的步骤进行过滤以及对数据进行排序的,同时还能够找出哪些转录物会被表达并且能够纠正扩增效率的差异性,随后研究人员就能够进行一个或多个二级分析来检测亚群和其它功能。 研究人员所面临的另外一项挑战就是规模问题,经典的RNA-seq实验往往包含了少量样本,但scRNA-seq研究中则含有成千上万个样本,能够处理少量样本的工具当遭遇十倍甚至百倍的样本时,其效率通常就会降低。比如一种最常见的单细胞分析类型就是维数约减(dimensionality reduction),这一过程就能够简化数据集来促进对相同细胞的识别;桑格学院研究所的计算机生物学家Martin Hemberg认为,scRNA-seq数据能够把每一个细胞描绘成为“具有20000个基因表达值的一览表”。而诸如主成分分析法(PCA)和t-分布邻域嵌入算法(t-SNE algorithm)等维数约减算法则能够有效地将这些形状投射到两个或三个维度,从而就能够使得相似的细胞聚集在一起。另外一种流行的应用就是伪时分析,2014年研究人员就开发了一种名为Monocle的工具,该工具能够利用机器学习的方法来对scRNA-seq实验性的数据进行推断。 当然,诸如Pagoda等其它工具还能够解决亚群特征检测和空间位置确定等信息,其能够利用组织中基因表达的分布数据来确定每一个组织中的转录组学表达情况;来自纽约基因组研究中心的研究者Rahul Satija就开发了一种名为Seurat的工具,该工具能够利用这些数据将细胞定位在三维空间中的点。 如今,研究人员已经开发出了一些即用型的检测“流水线”,当然还有一些端对端的图像工具,包括一些商业性的SeqGeq包以及一些成对儿的网络开放性工具,比如Granatum和ASAP(自动的单细胞分析流水线,the Automated Single-cell Analysis Pipeline);Granatum和ASAP能够利用网-络浏-览器提供相对简单、交互式的工作站来帮助科学家们以图形化的模式来深度分析数据;目前这两个工具能够更好地帮助科学家们进行日常的测序工作。 使用工具时需要警惕 这些工具并不是在每一种情况下都是完美的,比如一种能够善于精确鉴别细胞类型的“流水线”或许在进行伪时间分析(pseudo-time analysis)上并不擅长;此外,一些适当的方法或许还具有一定的数据依赖性。 对于初学者而言,严谨是非常必要的,生物信息学工具几乎总是能够给出一个答案,那么问题是,这些答案意味着什么呢?来自加利福尼亚大学的研究者Sandrine Dudoit的建议就是进行一些探索性的分析,同时对我们选择的算法进行一些假设性的研究。有些分析性的任务仍然极具挑战性,包括将来自实验条件下或有机体中的数据同来自不同组学整合的数据进行对比。 目前研究人员能够使用足够多的工具来进行研究,而那些对其感兴趣的科学家也在不断钻研;每一种新型工具都能够揭示生物学的另一面,因此只要时刻关注科学,我们就能够做出明确的选择。
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影响pcr结果的因素有哪些?
1. 引物: 引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。 设计引物应遵循以下原则: (1)引物长度: 15-30 bp,常用为20 bp 左右。 (2)引物扩增跨度: 以200-500 bp 为宜,特定条件下可扩增长至10 kb 的片段。 (3)引物碱基:G+C 含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5 个以上的嘌呤或嘧啶 核苷酸的成串排列。 (4)避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3'端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带。 (5)引物3'端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。 (6)引物中有或能加上合适的酶切位点, 被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点, 这对酶切分析或分子克隆很有好处。 (7)引物的特异性:引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。引物量: 每条引物的浓度0.1~1 umol或10~100 pmol,以最低引物 量产生所需要的结果为好,引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增,且可增加引物之间形成二聚体的机会。 2. 酶及其浓度 目前有两种Taq DNA聚合酶供应, 一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶,另一种为大肠菌合成的基因工程酶。催化一典型的PCR反应约需酶量2.5U(指总反应体积为100 ul 时),浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少。 3. dNTP的质量与浓度 dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系,dNTP粉呈颗粒状,如保存不当易变性失去生物学活性。dNTP溶液呈酸性,使用时应配成高浓度后,以1 M NaOH或1 M Tris.HCL的缓冲液将其 PH调节到7.0~7.5,小量分装, -20℃冰冻保存。多次冻融会使dNTP降解。在PCR反应中,dNTP应为50~200 umol/L,尤其是注意4种dNTP的浓度要相等( 等摩尔配制),如其中任何一种浓度不同于其它几种时(偏高或偏低),就会引起错配。浓度过低又会降低PCR产物的产量。dNTP能与Mg2+结合,使游离的Mg2+浓度降低。 4. 模板(靶基因)核酸,模板核酸的量与纯化程度,是PCR成败与否的关键环节之一,传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K 来消化处理标本。SDS的主要功能是: 溶解细胞膜上的脂类与蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜,并解离细胞中的核蛋白,SDS还能与蛋白质结合而沉淀; 蛋白酶K 能水解消化蛋白质,特别是与DNA结合的组蛋白,再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份,用乙醇或异丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作为模板用于PCR反应。一般临床检测标本,可采用快速简便的方法溶解细胞,裂解病原体,消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离,直接用于PCR扩增。RNA模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶K 法,要防止RNase降解RNA。 5. Mg2+浓度,Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响,在一般的PCR反应中,各种dNTP浓度为200 umol/L 时,Mg2+浓度为1.5~2.0 mmol/L 为宜。Mg2+浓度过高,反应特异性降低,出现非特异扩增,浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性,使反应产物减少。 6. 温度与时间的设置: 基于PCR原理三步骤而设置变性-退火-延伸三个温度点。在标准反应中采用三温度点法,双链DNA在90~95℃变性,再迅速冷却至40 ~60℃,引物退火并结合到靶序列上,然后快速升温至70~75℃,在Taq DNA 聚合酶的作用下,使引物链沿模板延伸。对于较短靶基因(长度为100~300 bp 时)可采用二温度点法, 除变性温度外、退火与延伸温度可合二为一,一般采用94℃变性,65℃左右退火与延伸(此温度Taq DNA酶仍有较高的催化活性)。 (1)变性温度与时间:变性温度低,解链不完全是导致PCR失败的最主要原因。一般情况下,93℃~94℃ 1 min足以使模板DNA变性,若低于93℃则需延长时间,但温度不能过高,因为高温环境对酶的活性有影响。此步若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性,就会导致PCR失败。 (2)退火(复性)温度与时间:退火温度是影响PCR特异性的较重要因素。变性后温度快速冷却至40℃~60℃,可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多,引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。退火温度与时间,取决于引物的长度、碱基组成及其浓度,还有靶基序列的长度。对于20 个核苷酸,G+C含量约50%的引物,55℃为选择最适退火温度的起点较为理想。引物的复性温度可通过以下公式帮助选择合适的温度: Tm值(解链温度)=4(G+C)+2(A+T) 复性温度=Tm值-(5~10℃) 在Tm值允许范围内, 选择较高的复性温度可大大减少引物和模板间的非特异性结合,提高PCR反应的特异性。复性时间一般为30~60 sec,足以使引物与模板之间完全结合。 (3)延伸温度与时间:Taq DNA聚合酶的生物学活性: 70~80℃ 150 核苷酸/S/酶分子 70℃ 60 核苷酸/S/酶分子 55℃ 24 核苷酸/S/酶分子 高于90℃时, DNA 合成几乎不能进行。 PCR反应的延伸温度一般选择在70~75℃之间,常用温度为72℃,过高的延伸温度不利于引物和模板的结合。PCR延伸反应的时间,可根据待扩增片段的长度而定,一般1 Kb 以内的DNA片段,延伸时间1 min 是足够 的。3~4 kb 的靶序列需3~4 min;扩增10 Kb 需延伸至15 min。延伸进间过长会导致非特异性扩增带的出现。对低浓度模板的扩增,延伸时间要稍长些。 7. 循环次数 循环次数决定PCR扩增程度。PCR循环次数主要取决于模板DNA的浓度。一般的循环次数选在30~40次之间,循环次数越多,非特异性产物的量亦随之增多。 8. 影响pcr特异性的因素: 通过上述内容,可以看出有许多因素可以影响pcr的特异性,在此我们作一归纳,供大家参考: (1)退火步骤的严格性:提高退火温度可以减少不匹配的杂交,从而提高特异性。 (2)减短退火时间及延伸时间可以减少错误引发及错误延伸。 (3)引物二聚体是最常见的副产品,降低引物及酶的浓度也可以减少错误引发,尤其是引物的二聚化. (4)改变MgCl2浓度可以改进特异性,这可能是提高反应严格性或者对taq酶的直接作用。 一般认为PCR产物应在48 h 以内完成电泳检测,有些最好于当日电泳检测,大于48 h 后带型就会出现不规则,甚至消失。
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细胞及分子
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细胞培养染色体显示法实验?
1) 传代培养细胞染色体显示法 1.培养细胞:取处于指数生长期、用较大瓶皿培养的、80%~90%汇合单层培养细胞。 2.加秋水仙素:使用最终浓度为0.02~0.8微克/毫升营养液,温箱继续培养6~10小时;或用低温封闭法:把培养细胞置于4℃条件下6~12小时后,再于37℃温箱继续培养6~10小时处理(加秋水仙素)。 3.采集分裂细胞:可利用分裂中期细胞体变圆与底物附着不牢特点,此时手持培养瓶,左右反复横向水平摇动,令培养液在培养细胞表面反复冲刷。应用此法可使90%的中期分裂细胞从瓶壁脱落,注意勿用力过猛,以防多量非分裂细胞脱落影响观察。 4.离心:收集培养液,1000转/分钟离心5~10分钟。 5.低渗处理:吸除上清液、加入预温至37℃的0.075M KCl溶液,在温箱中静置20~30分钟。 6.预固定:向悬液中加新鲜1:3醋酸、甲醇固定液1ml,用吸管吹打调匀,此措施能起到先使细胞表面轻微固定,可防止固定后细胞粘连成块。 7.固定:离心,同4,吸除上清液,加新鲜固定剂5~10ml;加固定剂时要用一手微斜持离心管,另手用吸管吸取固定剂,把固定剂逐滴滴在离心管壁上,使之慢慢流入离心管中,然后轻轻吹打均匀,置15~20分钟。 8.重复7,末次离心后,小心吸除大部分上清,据悬液中细胞密度大小,余下固定液0.5~1ml。 9.制片:用滴片法制片,按如下步骤:彻底洗净载物片,勿留任何油脂,置冰箱中储备备用。滴片前现从冰箱中取出冷载物片1片,在载物片表面出现细微水气时,立即向片的一侧滴2~3滴细胞悬液,滴片时的距离能保持半米高度才好。滴片后置室温中令其自然干燥,或用吹风机热风吹干亦可。如此制备好的标本可置盒中备用或立即进行染色观察。 10. 染色和封片:一般常用Giemsa染色:取干液Giemsa 1份加pH6.8磷酸缓冲液9份混合,染色10分钟后,水洗、晾干、可直接观察。如标本需要保存或做长时间观察,可过二甲苯两次后,用中性树胶封片后,再过二甲苯,然后封片亦可。 2) 人末梢血微量全血培养染色体显示法 1.培养液准备:取15ml培养瓶数个,每瓶内分别充入5ml培养液(pH 7.2),内含:1640培养液(含10%~15%小牛血清),PHA 0.1ml,青霉素100单位和链霉素100微克/毫升 培养液 2.抽血针管准备:取2~5ml针管一支,在消毒后的无菌操作台或无菌操作箱中安装好注射器,无菌抽肝素(100 U/ml BBS)少许湿润针管,如动作迅速不用肝素亦可。 3.采血:用棉签75%酒精给患者或献血者的皮肤消毒两次,缚止血带,静脉取血1~2ml。无菌操作迅速向每一瓶培养中加血0.4~0.5ml,如系外出采血,安装针管及分装血液两步骤亦可在无菌条件略差的环境内操作,但动作要迅速,以减少污染;在采血量不多或不应抽血的情况下,亦可在耳垂、手指肚(无名指)用刺血针采血。 4.培养和加秋水仙素:37℃温箱中培养到60~72小时之间,此时细胞分裂相最多,向每培养瓶内加秋水仙素,最终浓度0.02~0.08微克/毫升营养液,再培养4~6小时。 5.低渗:1000转/分钟离心10分钟,吸除上清液,加入预温过的0.075M KCl溶液10ml,置温箱中低渗处理15~20分钟。 6.其余步骤与处理传代细胞法相同。
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生物大分子样品的保存?
生物大分子制成品的正确保存极为重要,一旦保存不当,辛辛苦苦制成的样品失活、变性、变质,使前面的全部制备工作化为乌有,损失惨重,全功尽弃。 影响生物大分子样品保存的主要因素有: ⑴空气:空气的影响主要是潮解、微生物污染和自动氧化。空气中微生物的污染可使样品腐败变质,样品吸湿后会引起潮解变性,同时也为微生物污染提供了有利的条件。某些样品与空气中的氧接触会自发引起游离基链式反应,还原性强的样品易氧化变质和失活,如维生素C、巯基酶等。 ⑵温度:每种生物大分子都有其稳定的温度范围,温度升高10℃,氧化反应约加快数倍,酶促反应增加1~3倍。因此通常绝大多数样品都是低温保存,以抑制氧化、水解等化学反应和微生物的生成。 ⑶水份:包括样品本身所带的水份和由空气中吸收的水份。水可以参加水解、酶解、水合和加合。加速氧化、聚合、离解和霉变。 ⑷光线:某些生物大分子可以吸收一定波长的光,使分子活化不利于样品保存,尤其日光中的紫外线能量大,对生物大分子制品影响最大,样品受光催化的反应有变色、氧化和分解等,通称光化作用。因此样品通常都要避光保存。 ⑸样品的pH:保存液态样品时注意其稳定的pH范围,通常可从文献和手册中查得或做实验求得,因此正确选择保存液态样品的缓冲剂的种类和浓度就十分重要。 ⑹时间:生化和分子生物学样品不可能永久存活,不同的样品有其不同的有效期,因此,保存的样品必须写明日期,定期检查和处理。 现以保存蛋白质和酶为例: ⑴低温下保存:由于多数蛋白质和酶对热敏感,通常35℃~40℃以上就会失活,冷藏于冰箱一般只能保存一周左右,而且蛋白质和酶越纯越不稳定,溶液状态比固态更不稳定。因此通常要保存于-5℃~-20℃,如能在-70℃下保存则最为理想。极少数酶可以耐热:如核糖核酸酶可以短时煮沸;胰蛋白酶在稀HCl中可以耐受90℃;蔗糖酶在50℃~60℃可以保持15 min~30 min不失活。还有少数酶对低温敏感,如鸟肝丙酮酸羧化酶25℃稳定,低温下失活,过氧化氢酶要在0℃~4℃保存,冰冻则失活,羧肽酶反复冻融会失活等。 ⑵制成干粉或结晶保存:蛋白质和酶固态比在溶液中要稳定的多。固态干粉制剂放在干燥剂中可长期保存,例如葡萄糖氧化酶干粉0℃下可保存2年,-15℃下可保存8年。通常,酶与蛋白质含水量大于10%,室温低温下均易失活,含水量小于5%时,37℃活性会下降,如要抑制微生物活性,含水量要小于10%,抑制化学活性,含水量要小于3%。此外要特别注意酶在冻干时往往会部分失活。 ⑶在保护剂下保存:很早就有人观察到,在无菌条件下,室温保存了45年的血液,血红蛋白仅有少量改变,许多酶仍保留部分活性,这是因为血液中有蛋白质稳定的因素,为了长期保存蛋白质和酶,常常要加入某些稳定剂:例如:①惰性的生化或有机物质:如糖类、脂肪酸、牛血清白蛋白、氨基酸、多元醇等,以保持稳定的疏水环境。②中性盐:有一些蛋白质要求在高离子强度(1 mol/L~4mol/L或饱和的盐溶液)的极性环境中才能保持活性。最常用的是:MgSO4、NaCl、(NH4)SO4等。使用时要脱盐。③巯基试剂:一些蛋白质和酶的表面或内部含有半胱氨酸巯基,易被空气中的氧缓馒氧化为磺酸或二硫化物而变性,保存时可加入半胱氨酸或巯基乙醇。 总之,对样品的保存必须给以只够的重视,一些常用酶的保存条件可参见《生物化学制备技术》(苏拔贤主编)一书中的"一些酶保存的条件和稳定性"表,其他各种生物大分子和生物制剂的保存条件,可查阅有关的文献和酶学手册。 6. 分离纯化方法的选择 生物大分子能否高效率地制备成功,关键在于分离纯化方案的正确选择和各个分离纯化方法实验条件的探索。选择与探索的依据就是生物大分子与杂质之间的生物学和物理化学性质上的差异。由本章前述的生物大分子制备的各种特点可以看出,分离纯化方案必然是千变万化的。 制备生物大分子的方法可以粗略地分类如下:① 以分子大小和形态的差异为依据的方法:差速离心、区带离心、超滤、透析和凝胶过滤等。② 以溶解度的差异为依据的方法:盐析、萃取、分配层析、选择性沉淀和结晶等。③ 以电荷差异为依据的方法:电泳、电渗析、等电点沉淀、吸附层析和离子交换层析等。④ 以生物学功能专一性为依据的方法:亲和层析等。
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关于实验室用水,你了解多少?
水是实验室内一个常常被忽视但至关重要的试剂。实验室用水有那些种类?能达到什么级别?不同实验对水的要求有那些?下面就来了解一下吧! 实验室常见的水的种类: 1、蒸馏水(Distilled Water ): 实验室最常用的一种纯水,虽设备便宜,但极其耗能和费水且速度慢,应用会逐渐减少。蒸馏水能去除自来水内大部分的污染物,但挥发性的杂质无法去除,如二氧化碳、氨、二氧化硅以及一些有机物。新鲜的蒸馏水是无菌的,但储存后细菌易繁殖;此外,储存的容器也很讲究,若是非惰性的物质,离子和容器的塑形物质会析出造成二次污染。 2、去离子水(Deionized Water ): 应用离子交换树脂去除水中的阴离子和阳离子,但水中仍然存在可溶性的有机物,可以污染离子交换柱从而降低其功效,去离子水存放后也容易引起细菌的繁殖。 3、反渗水(Reverse osmosis Water): 其生成的原理是水分子在压力的作用下,通过反渗透膜成为纯水,水中的杂质被反渗透膜截留排出。反渗水克服了蒸馏水和去离子水的许多缺点,利用反渗透技术可以有效的去除水中的溶解盐、胶体,细菌、病毒、细菌内毒素和大部分有机物等杂质,但不同厂家生产的反渗透膜对反渗水的质量影响很大。 4、超纯水(Ultra-pure grade water): 其标准是水电阻率为18.2MΩ-cm。但超纯水在TOC、细菌、内毒素等指标方面并不相同,要根据实验的要求来确定,如细胞培养则对细菌和内毒素有要求,而HPLC则要求TOC低。 评价水质的常用指标: 1、电阻率(electrical resistivity): 衡量实验室用水导电性能的指标,单位为MΩ-cm,随着水内无机离子的减少电阻加大则数值逐渐变大,实验室超纯水的标准:电阻率为18.2MΩ-cm。 2、总有机碳(Total Organic Carbon ,TOC): 水中碳的的浓度,反映水中氧化的有机化合物的含量,单位为ppm 或 ppb。 3、内毒素(Endotoxin): 革兰氏阴性细菌的脂多糖细胞壁碎片,又称之为“热原”,单位cuf/ml。
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原代细胞培养实验步骤?
原代细胞的培养步骤 一、静置贴壁细胞(包括半贴壁细胞的培养)培养要求 1、细胞要通过充分漂洗,以尽量除去消化液的毒性; 2、细胞接种时浓度要稍大一些,至少为5×108细胞/L; 3、培养基可用Eagle(MEM)或DNEM培养; 4、小牛血清浓度为10%-80%; 5、应在37℃5% CO2的培养箱中培养; 6、在起始的2天中尽量减少振荡,以防止刚贴壁的细胞发生脱落,漂浮; 7、待细胞基本贴壁伸展并逐渐形成网状,应将原代细胞换液; 8、用骨髓或外周血中的悬浮细胞经静置培养1周时,应将细胞悬液经低速离心后换液。 二、悬浮细胞的培养要求 1、原代培养时要尽量去除红细胞; 2、短期培养,可在含10%小牛血清的RPMI1640培养基中进行; 3、细胞浓度可在5-8×109/L范围内进行分瓶试验; 4、长期培养时,淋巴细胞中要加入生长因子,白血病细胞中要加入少量的原患者血清,以利细胞生长; 5、细胞换液一般每隔3天需半量换液一次; 6、细胞传代一般待细胞增殖加快、细胞密度较高时才能进行。 三、原代细胞的维持 1、贴壁细胞长成网状或基本单层时,未达到饱和密度,需采取换液方式来更新营养成分以满足细胞继续生长繁殖的需要; 2、换入等量完全培养基或换成含2%小牛血清的维持液; 3、悬浮细胞细胞培养基中不仅会发生转化而且会发生分裂繁殖,此时培养基中的营养成分并不能维持细胞的营养需求,需进行换液。通常采用半量换液的方法; 四、原代细胞培养的首次传代 原代培养后由于悬浮细胞增殖,数量增加甚至达饱和密度;贴壁细胞的相互汇合,使整个瓶底逐渐被细胞覆盖,细胞难以继续生长繁殖,需要进行分瓶培养,这种使原代细胞经分散接种的过程称之为传代。 首次传代应注意以下几点: (1)细胞生长密度不高时,不能急于传代。 (2)原代培养的贴壁细胞需控制消化时间。 (3)吹打已消化的细胞应减少机械损伤。 (4)首次传代时细胞接种数量要多一些。 (5)首次传代培养的pH应偏低些。小牛血清浓度可加大至15%~20%左右。 五、其他培养法 (一)组织块培养法 组织块培养是常用、简便易行和成功率较高的原代培养方法。其基本方法是将剪成的小组织团块接种于培养瓶(或皿)中,瓶壁可预先涂以胶原薄层,以利于组织块粘着于瓶壁,使周边细胞能沿瓶壁向外生长。 (二)悬浮细胞培养法 对于悬浮生长的细胞,如白血病细胞、淋巴细胞、骨髓细胞、胸水和腹水中的癌细胞和免疫细胞无需消化,可采用低速离心分离,直接培养,或经淋巴细胞分层液分离后接种培养。 (三)器官培养 器官培养是指从供体取得器官或组织块后,不进行组织分离而直接在体外的特定环境条件下培养,器官培养可保持器官组织的相对完整性,可用于重点观察细间的联系、排列情况和相互影响,以及局部环境的生物调节作用。
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PCR产物用试剂盒回收的时候,发现有杂带?有哪些办法可以提取得更干净?
扩增时出现非特异性条带,那么在胶回收时切胶很重要,切胶时尽量选择目的基因条带,可以将目的基因所在的胶的边缘弃去一些,尽量不要切上含有非特异性带的胶。
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简介
职业:上海古朵生物科技有限公司 - 销售经理
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地区:上海市
个人简介:
上海古朵生物科技有限公司成立于上海浦东新区。是一家专门从事生物技术相关产品,励志研发和销售的综合性生物公司,产品远销多个国家和地区,我们将一如既往地秉承“一切为了满足客户的需求”的经营宗旨;牢固树立“以客户需求为准则、以市场需求为导向,不断开发高质量的新产品,提供客户满意的综合服务质量”的方针。
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企业简介
企业名称:上海古朵生物科技有限公司
企业性质:贸易商,代理商,
主营业务:质粒载体定制,ELISA检测试剂盒,细胞培养,抗体抗原,蛋白纯化,染色液溶液,标准品对照品,微生物培...
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